高斯计算中溶剂化模型的自定义方法

anmin0127 · 发表于 Post on 2015-9-28 19:18:57

在进行有机物表面吸附计算的过程中需要加入自定义的溶剂化模型，但是手册中没有我们想用的模型，请问各位大神，自定义溶剂化模型的命令是怎么写的呢？
我们使用的是0.5mol/L的碳酸氢钠水溶液作为化学吸附作用的溶剂，这个溶剂在计算的命令中应该怎么定义呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-28 20:24:18

隐式溶剂模型没法表现浓度这个概念
水是溶剂效应的主体，你就用水溶剂就行了
如果碳酸氢钠起到关键性作用，计算的时候就把碳酸氢钠分子明确画出来

anmin0127 · 发表于 Post on 2015-9-28 20:30:19

sobereva 发表于 2015-9-28 20:24
隐式溶剂模型没法表现浓度这个概念
水是溶剂效应的主体，你就用水溶剂就行了
如果碳酸氢钠起到关键性作用 ...

碳酸氢钠也没什么关键作用，只是水溶液中的唯一的溶质，如果能得到这个溶液的介电常数，是不是可以用介电常数来定义溶剂化效应呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-28 20:38:46

碳酸氢钠完全可以忽略了，水就是默认的溶液，就写scrf=SMD就够了。

anmin0127 · 发表于 Post on 2015-9-28 20:40:56

sobereva 发表于 2015-9-28 20:38
碳酸氢钠完全可以忽略了，水就是默认的溶液，就写scrf=SMD就够了。

好的，谢谢啊

jiangxia0909 · 发表于 Post on 2016-11-1 11:30:37

sobereva 发表于 2015-9-28 20:24
隐式溶剂模型没法表现浓度这个概念
水是溶剂效应的主体，你就用水溶剂就行了
如果碳酸氢钠起到关键性作用 ...

如果要模拟H，OH对于配位离子和中心离子的作用，是采用溶剂化模型吗？怎么定义呢？还是直接把H，OH明确画出来，那如果明确画出来是有几个配位离子和中心离子就画几个H，OH还是？谢谢

wswrpd · 发表于 Post on 2016-11-1 18:35:11

看NaOH溶质的浓度吧，简单计算一下第一水合层里有OH的几率大不大，不大就认为是水。。然后看你研究的分子会不会有强的氢键作用，没用的话就直接认为水是连续介电介质（计算量相对较小尤其是不考虑溶剂受溶质的影响）。强的话就需要explicitly考虑水分子（计算量很大），这类计算文献好多好多好多。。。。看看人家怎么做，我不做这个研究都看过这类研究presentation的海报

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-1 18:45:10

jiangxia0909 发表于 2016-11-1 11:30
如果要模拟H，OH对于配位离子和中心离子的作用，是采用溶剂化模型吗？怎么定义呢？还是直接把H，OH明确画 ...

具体看什么作用。强的相互作用，诸如配位作用，该画几个画几个，同时用隐式溶剂模型。

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