建模阶段，Packmol实现定向排列脚本问题？

diyuli

前两天发贴，想实现分子结构的定向排列，老师建议用Packmol来实现。
昨天已安装使用Packmol，但还是无法实现如图有序排列问题，将我自己写的.inp文本给出，希望得到大神们和老师们的指导。
tolerance 2.0
output jieguo124.pdb
structure 111.pdb
  number 1000
  inside box 0. 0. 0. 26. 26. 40.
end structure
structure 222.pdb
  number 10
  inside box 0. 0. 0. 26. 26. 40.
  atoms 44
  inside box 0. 0. 0. 26. 26. 1.
  end atoms
  atoms 15
  outside box 0. 0. 0. 26. 26. 16.
  end atoms
end structure

但得到的结果与文献中不一致。分子结构还是无序排列如图。

liuyuje714

你还没解决吗？我大致看了一下好像packmol处理这种线性分子规则排列不太好，一些原子，平面约束啥的好像用起来不能达到你需要的效果。我提供一个详细的思路吧。
需求：你要会使用lshell命令（linux和windows（安装cygwin，cmder）上面都可以）；会使用vmd查看结构，确定线性分子首尾原子编号；会packmol简单输入文件编辑

1、准备初始结构单体mol.pdb，然后用vmd转成gro格式（因为我不想处理pdb，gro内容更加简洁）

可以看到初始分子是歪的，主轴不与任何坐标轴平行。
2、使用附件脚本script1.bsh，对这个分子单体进行旋转和平移，使得与Z轴平行，头原子位于原点。你必须找到该分子单体的主轴头和尾原子编号（可视化查看即可），我这个例子中分别选择34和142号原子，使用方式：

1. bash script1.bsh -i mol.gro -head 34 -tail 142

复制代码

得到new_mol.gro文件，你可以可视化查看该分子与你原来的有啥区别。明显和z轴平行

这一点很重要，因为packmol只能自己指定旋转角来进行分子旋转，无法进行任意角度旋转达到与z平行效果。
3、还是先通过vmd把new_mol.gro转成pdb格式，因为packmol需要。我这里命名为init.pdb（和script2.bsh脚本中保持一致），然后执行附件脚本script2.bsh。目的是通过控制分子在xoy平面平移距离，多次调用packmol产生不同位置的结构，最终合并起来，添加水分子使得完成最终体系。这个脚本中的有些参数是需要你自己控制的，比如体系大小，分子间距多少，packmol设置等。使用方式：

1. bash script2.bsh

复制代码

最后得到finall.pdb文件即为你需要的最终体系。如下图：

diyuli

liuyuje714 发表于 2020-6-30 12:44
你还没解决吗？我大致看了一下好像packmol处理这种线性分子规则排列不太好，一些原子，平面约束啥的好像用 ...

谢谢老师，我再来试试。