Gaussian单机计算氮谱时基组选用

alexwpch · 发表于 Post on 2015-9-29 11:05:58

单机：i7-4770，16G内存, 500G盘，CentOS
体系：5个N，5个C，1个Co
需要精确计算氮谱NMR，可采用什么基组？
参考J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 572中的MP2/cc-pVQZ，发现6小时没反应，程序进了I906后，单核在跑，rwf 200G+，是不是算不动？
CCSD(T)/pcS-2或 CCSD(T)/cc-pVTZ是不是更跑不动？
请教下有什么更适合的方法推荐？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-9-29 11:38:31

Prof. Dean J Tantillo 给出了针对 1H-NMR 和 13C-NMR 的推荐计算方法：
结构在 B3LYP/6-31+G(d,p) 或更好的 B3LYP/6-311+G(2d,p) or M06-2X/6-31+G(d,p) (均为gas phase) 优化
在此结构上，用PBE0/6-311+G(2d,p) 或 mPW1PW91/6-311+G(2d,p) (GIAO, SCRF = CHCl3) 计算

Tantillo给出了一些修正之后结果还是不错的。修正的原理就是找几个已知化合物，然后做线性回归，得到斜率和截距用来算未知体系，之前没找到N-NMR的，但是感觉自己做一个小一点的Database建起来也不难，说不定还能灌个水。

alexwpch · 发表于 Post on 2015-9-29 15:55:40

liyuanhe211 发表于 2015-9-29 11:38
Prof. Dean J Tantillo 给出了针对 1H-NMR 和 13C-NMR 的推荐计算方法：
结构在 B3LYP/6-31+G(d,p) 或更好 ...

我看了下他们的方法，N谱需要自己建立database吧。
只单一物质，想要计算，是不是还要CCSD(T)?

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-29 23:37:01

CCSD(T)算NMR毫无疑问是金标准，但是高斯不支持。高斯最高只能做MP2的NMR。你要想用耦合簇做NMR得用Dalton
MP2计算NMR已经精度很不错了，没必要非得耦合簇。
用cc-pVQZ算NMR太亏，用pcS基组是首选，用具体哪种量力而行，pcS-2已经足够高了。

至于鼓吹mPW1PW91那个，我个人不太信任。对于你当前的体系MP2绝对没问题，比mPW1PW91肯定好得多。

alexwpch · 发表于 Post on 2015-9-30 10:51:21

sobereva 发表于 2015-9-29 23:37
CCSD(T)算NMR毫无疑问是金标准，但是高斯不支持。高斯最高只能做MP2的NMR。你要想用耦合簇做NMR得用Dalton
...

嗯嗯，谢谢Sob，那我下个pcS-2的基组试试。
另外，MP2计算时候，会给出两组数据，一组是SCF下的，一组是MP2下的。
以CH3NO2为0ppm，化合物SCF下的N谱位移是71ppm，MP2下的是36ppm，差了很多。这个怎么解释？

alexwpch · 发表于 Post on 2015-9-30 11:00:47

sobereva 发表于 2015-9-29 23:37
CCSD(T)算NMR毫无疑问是金标准，但是高斯不支持。高斯最高只能做MP2的NMR。你要想用耦合簇做NMR得用Dalton
...

另外，Co是用aug-pcs-2还是Landz2

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-1 04:31:42

alexwpch 发表于 2015-9-30 11:00
另外，Co是用aug-pcs-2还是Landz2

pcS系列只覆盖到了前三周期，据我所知还没有Co的
Co你就用def2TZVP就行了。lanl2DZ太low

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-1 04:33:33

alexwpch 发表于 2015-9-30 10:51
嗯嗯，谢谢Sob，那我下个pcS-2的基组试试。
另外，MP2计算时候，会给出两组数据，一组是SCF下的，一组是 ...

计算SCF下位移的时候，参考物质的值也是取的SCF下的结果么？

你也可以看看对其它元素HF和MP2都差了多少。

alexwpch · 发表于 Post on 2015-10-1 19:54:27

sobereva 发表于 2015-10-1 04:33
计算SCF下位移的时候，参考物质的值也是取的SCF下的结果么？

你也可以看看对其它元素HF和MP2都差了 ...

我拿CHON都对比了下，H和C在SCF和MP2的化学位移差值相差不大，但是N和O在SCF和MP2下化学位移差别很大，N谱的SCF和MP2相差几十ppm，O谱的SCF和MP2相差100ppm左右。
然后我又比较了下，MP2/pcS-2，MP2/6-311++(2d,p)，MP2/cc-pvtz，以及B3LYP水平下的结果。H和C不说准确，至少合理；N和O就完全乱套了，每个基组算出来的都不一样。
难怪基本找不到杂原子的NMR计算，估计是因为计算结果不可靠。
Sob酱可否有其他好的杂原子的NMR计算方法推荐？

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-1 22:52:10

alexwpch 发表于 2015-10-1 19:54
我拿CHON都对比了下，H和C在SCF和MP2的化学位移差值相差不大，但是N和O在SCF和MP2下化学位移差别很大，N ...

方法就用MP2就够了。pcS-n系列可以让n从0增大考察一下收敛性。到了收敛的n结果肯定可用。cc-pVnZ随着n增大收敛过程肯定和pcS-n不同，但到了很大时一定也会和pcS对上。

至于pople基组就忘掉它吧，B3LYP也不用管它，肯定不如MP2。

alexwpch · 发表于 Post on 2015-10-3 09:34:15

sobereva 发表于 2015-10-1 22:52
方法就用MP2就够了。pcS-n系列可以让n从0增大考察一下收敛性。到了收敛的n结果肯定可用。cc-pVnZ随着n ...

嗯嗯，那我在试试收敛性。多谢！

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