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[GROMACS] 求助:如何在2000个原子体系的聚合物中,生成gaff或者opls-aa力场参数

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最近在做共轭聚合物的分子动力学,因为需要对某个特定的二面角做力场参数拟合,所以要生成由原子序号定义的二面角的力场参数(附件1.itp),使用了acpype生成gaff立场,对原子数量有限制,如果是将单体的itp,通过复制粘贴扩展成为聚合物的itp,要把聚合物的每一个原子序号都和单体的对应起来,极其耗时。所以,想请问一下有什么办法能生成10个聚合单元,原子数在2000个左右的,带原子序号的itp文件的方法嘛?

1.itp

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发表于 Post on 2020-7-5 14:11:09 | 只看该作者 Only view this author
自己写rtp,用pdb2gmx产生itp
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-5 14:12:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-5 14:11
自己写rtp,用pdb2gmx产生itp

请问sob老师,有可以参考的示例嘛?

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发表于 Post on 2020-7-5 14:59:29 | 只看该作者 Only view this author
http://bbs.keinsci.com/thread-16207-1-1.html
把我汇总的帖子都认真看一遍,应该就会了

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