求助六氟化磷键角变化及npt密度计算

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-7-8 22:21:23

请问论坛里各位老师，我的离子液体在跑完npt后，六氟化磷阴离子的键角发生了变化，从180度变成了160多度，请问这是不是说明文献的力常数有问题？第二个问题是，我用gmx跑100万步的npt，每1000步输出一次密度，我想得到这个物质的密度是不是把平衡后，后几千步的密度相加再求算数平均值就可以了？(但是我看到gmx教程里还有累计平均值)？？
非常感谢sob老师和大家一直以来的帮助。问题可能有些幼稚，还请大家多担待。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-9 05:19:54

1 既可能文献参数有问题，也可能你的拓扑信息写得有问题
2 直接用gmx energy从edr提取就完了，直接就给你平均值，可以接-b和-e选项选择只考虑轨迹的哪一段

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-7-9 18:10:12

本帖最后由北京的大猫于 2020-7-9 18:15 编辑

sobereva 发表于 2020-7-9 05:19
1 既可能文献参数有问题，也可能你的拓扑信息写得有问题
2 直接用gmx energy从edr提取就完了，直接就给你 ...

谢谢sob老师的回答，请问sob老师，六氟化磷中180度键角的力常数还应该考虑吗？（当然90度键角的力常数肯定考虑），但是我在（JCTC 2017,13, 6131-6145）上看到它的itp文件中没有考虑180度的力常数，但是如果这样使用pdb2gmx时缺少180度的力场参数。此外，如果考虑的话，180度的力常数和90度的应该不同吧？

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-10 05:09:26

北京的大猫发表于 2020-7-9 18:10
谢谢sob老师的回答，请问sob老师，六氟化磷中180度键角的力常数还应该考虑吗？（当然90度键角的力常数肯 ...

光靠维持90度的F-P-F，自然而然就把180度的F-P-F维持了，因此原理上没必要

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-7-11 15:53:23

sobereva 发表于 2020-7-10 05:09
光靠维持90度的F-P-F，自然而然就把180度的F-P-F维持了，因此原理上没必要

谢谢sob老师

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