求助：选择分子动力学软件问题

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-10 22:43:49

Passage of TBP–uranyl complexes from aqueous.pdf (6.98 MB, 下载次数 Times of downloads: 3754)
小白求助，想在研究中加入分子动力学模拟。体系跟附件中文献类似，文献中使用的LAMMPS，为什么可以用MD做络合配位反应？我想做的反应与他类似，利用gromacs是否可以实现文献中的工作。谢谢！

snljty · 发表于 Post on 2020-7-11 00:16:34

gromacs不支持反应力场。

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-11 09:57:32

snljty 发表于 2020-7-11 00:16
gromacs不支持反应力场。

这篇文献我感觉并没有使用反应力场可能是我并不了解反应力场，如果有时间的话麻烦您看一下附件中的文献是否使用了反应力场，非常感谢

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-7-11 10:25:38

该文章可以用gromacs实现

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-11 10:34:30

liuyuje714 发表于 2020-7-11 10:25
该文章可以用gromacs实现

谢谢您！太好了，能否麻烦您说一下他使用的是否是反应力场为什么可以实现络合配位过程。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-11 11:44:17

文中没用反应力场。纯粹是基于原子电荷和LJ势表现的铀酰和其它粒子的相互作用。自己把文中的参数搞到GROMACS里直接就能跑。

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-11 11:53:52

sobereva 发表于 2020-7-11 11:44
文中没用反应力场。纯粹是基于原子电荷和LJ势表现的铀酰和其它粒子的相互作用。自己把文中的参数搞到GROMAC ...

谢谢Sob老师！

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