溶剂化模型下计算相互作用能与不加溶剂化模型下的相互作用差异

sungl123456 · 发表于 Post on 2020-7-15 11:32:33

本帖最后由 sungl123456 于 2020-7-15 12:03 编辑

老师好，我研究一种离子液体分子和乙醇/乙酸乙酯溶剂分子的相互作用，利用高斯09计算，泛函基组选择M062X/6-311+**计算，相互作用能采用e=E(AB)-E(A)-E(B)公式，考虑BSSE矫正。
我在混合溶剂化模型下计算的离子液体和乙醇分子的相互作用能（即E(AB), E(A), E(B)都在隐式混合溶剂模型下计算）和不加溶剂化模型下的相互作用能之间差异非常大，差异在20-30Kj/mol左右，十分影响我做定性分析。这两种方法计算的相互作用能文献都有记载，但是由于计算结果的不同导致最终结论千差万别。想问问老师如果考虑离子液体和溶剂分子的相互作用应该用哪种方法计算。
另外我考虑对该体系换更好的基组比如def2系列基组但是本身def2系列基组加弥散函数需要特殊方法另外计算昂贵。我本身做的这个计算是想定性分析相互作用能大小关系，最后算出来的结果不用特别精确。想问一下老师是否已经使用的6-311g+**可以满足需求。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-7-15 12:50:41

在乙醇中是正常现象，离子液体属于明显带电荷的物种，带点物种在真空中和极性溶剂中能量差异巨大是很正常的。建议加隐式溶剂模型，否则结果几乎没有意义。

sungl123456 · 发表于 Post on 2020-7-15 15:47:31

喵星大佬发表于 2020-7-15 12:50
在乙醇中是正常现象，离子液体属于明显带电荷的物种，带点物种在真空中和极性溶剂中能量差异巨大是很正常的 ...

好的，感谢回答，我比较了很多文献中的数据也觉得不加溶剂模型的结论不是很科学

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-15 20:22:16

注意把6-311+G**写正确，两处都写错了。可以满足

sungl123456 · 发表于 Post on 2020-7-16 09:43:36

sobereva 发表于 2020-7-15 20:22
注意把6-311+G**写正确，两处都写错了。可以满足

好的，谢谢老师

sungl123456 · 发表于 Post on 2020-7-20 09:57:51

本帖最后由 sungl123456 于 2020-7-20 09:59 编辑

sobereva 发表于 2020-7-15 20:22
注意把6-311+G**写正确，两处都写错了。可以满足

老师好，还是在题目的体系下进行探讨，我在gromacs中计算的相互作用能和高斯溶剂化模型下相互作用能做了比较：问题一：我的理解是，gromacs中相互作用能应该取average这一列的数值，然后同一种相互作用的LJ-SR和coul-SR相加得到，我感觉这个取值和白色图片中高斯计算的数值量级差距较大，这里哪个数值更合理一些？

问题二：gromacs中相互作用的正负取值在加和中影响比较大，这里的正负软件内部是如何判断的？

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-20 13:17:51

sungl123456 发表于 2020-7-20 09:57
老师好，还是在题目的体系下进行探讨，我在gromacs中计算的相互作用能和高斯溶剂化模型下相互作用能做了 ...

根据计算公式，是正就是正，是负就是负，没有什么判断问题

你用GROMACS算的没有考虑溶剂效应对相互作用的影响，明显会导致和考虑了溶剂模型下用Gaussian算的相互作用能差异巨大。
都在真空下计算，只要做法得当，基于力场算的和量化算的能定性吻合，看比如此文里的对比
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

贴数据的时候注意写清楚单位

sungl123456 · 发表于 Post on 2020-7-20 17:08:18

sobereva 发表于 2020-7-20 13:17
根据计算公式，是正就是正，是负就是负，没有什么判断问题

你用GROMACS算的没有考虑溶剂效应对相互作 ...

不加溶剂化模型的相互作用能计算感觉对深入探讨不方便，老师那对于gromacs中对溶剂化模型没有定义或者解决办法么

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-21 00:29:19

sungl123456 发表于 2020-7-20 17:08
不加溶剂化模型的相互作用能计算感觉对深入探讨不方便，老师那对于gromacs中对溶剂化模型没有定义或者解 ...

gmx <=2018都有GB模型

结合APBS可以在PB模型下计算

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[Gaussian/gview] 溶剂化模型下计算相互作用能与不加溶剂化模型下的相互作用差异