求助：gromacs采样时应如何选择位置限制条件

zhangzh · 发表于 Post on 2020-7-19 17:41:20

本帖最后由 zhangzh 于 2020-7-19 18:02 编辑

如图，我从一条轨迹中以0.15nm为间距抽取出了等距的窗口，但是在后续的md模拟中，wham直方图显示部分窗口中的分子脱离了原有的位置。我已经对主体分子添加了位置限制，请问是限制的力常数设置的不正确吗？应该如何避免分子跑走？另外，从直方图里看采样窗口的间距似乎较远，且曲线的分布过窄，请问是什么原因？

posre_cb6.itp (4.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

md_umbrella.mdp (1.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

npt_umbrella.mdp (1.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

wyb · 发表于 Post on 2020-7-20 09:11:21

是不是力太大了？histogram都没有形成分布

zhangzh · 发表于 Post on 2020-7-20 10:03:08

wyb 发表于 2020-7-20 09:11
是不是力太大了？histogram都没有形成分布

老师好，请问力太大是指牵引力还是posre.itp里的力常数呢，那应该怎么设置合适

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[GROMACS] 求助：gromacs采样时应如何选择位置限制条件

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