请问柔性的二聚体可以通过genmer建立初始模型吗？

土拔鼠 · 发表于 Post on 2020-7-20 21:35:24

各位老师好我想搜索一个二聚体的结合方式是两个长链的烷烃有比较强的柔性

请问这种情况能直接用genmer建立初始模型吗？

还是这种情况用xtb跑动力学搜索更好一些但是我试了一下按照社长的xtb对瑞德西韦的构象搜索的方法用xtb跑动力学结果里有很多构象两个单体是没有结合在一起的有什么方法可以在xtb中限制两个分子的距离吗？

谢谢大家

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-20 23:54:31

这种情况建议你通过动力学方式产生给molclus用的traj.xyz文件

温度太高的话两条链容易跑飞。温度不要太高。并且建议xtb做MD时加上球形限制势，避免分子分离太远。

土拔鼠 · 发表于 Post on 2020-7-21 00:32:36

sobereva 发表于 2020-7-20 23:54
这种情况建议你通过动力学方式产生给molclus用的traj.xyz文件

温度太高的话两条链容易跑飞。温度不要太 ...

谢谢社长请问球型限制势在xtb中的实现在您的博文里有参考吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-21 00:36:47

土拔鼠发表于 2020-7-21 00:32
谢谢社长请问球型限制势在xtb中的实现在您的博文里有参考吗？

例子

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2020-7-21 01:22:41

土拔鼠发表于 2020-7-21 00:32
谢谢社长请问球型限制势在xtb中的实现在您的博文里有参考吗？

你可以参考官网的例子 https://xtb-docs.readthedocs.io/ ... -md-mtd-simulations 。需要注意的是这种限制势是由xcontrol提供的。你可以用“man 7 xcontrol”来查看具体的用法，官网上也有xcontrol的资料。

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