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[建模与可视化] XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安装方法

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发表于 2020-7-22 06:27:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安装方法

文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-22


1 前言

XCrySDen(http://www.xcrysden.org)是非常流行的第一性原理程序Quantum ESPRESSO用户经常用的重要工具,可以观看输入输出文件、观看轨迹、设置k点等,而且作图效果挺不错。XCrySDen在Ubuntu上比较容易运行,但对于做计算化学的人用得非常多的CentOS就不那么容易了。XCrySDen很老的版本提供了semishared版,在CentOS里解压后就能运行,但较新的XCrySDen官方只提供了shared版(至少是对于撰文时最新的1.6.2版而言),里面涉及的一些动态库在CentOS里没有相应的源。为了让CentOS用户用XCrySDen毫无障碍,笔者在CentOS下编译了XCrySDen,并且同时提供了傻瓜式编译的源代码包。


2 预编译版XCrySDen的安装

下载http://sobereva.com/attach/564/xcrysden-1.6.2_sobereva.tar.gz。解压后,进入此目录,运行./xcrysden就可以启动了。如果在~/.bashrc目录下加上export PATH=$PATH:[XCrySDen的目录名],则重新进入终端后就可以在任意目录下直接启动XCrySDen了。

这个笔者编译的XCrySDen 1.6.2在CentOS 7系列各个版本上都可以运行。如果读者装系统的时候装的方式和《在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示》(http://sobereva.com/454)里演示的相同,不需要装额外的库就可以直接运行。如果运行时提示缺库,Google一下报错提示,用yum安装相应的包即可。

对于CentOS 8.0,笔者发现没法直接运行,但只要把解压后目录下的tcl目录下的xcInit.tcl里的两处0m都改为0就可以运行,并且关闭程序的时候必须点击右上角强行关闭。


3 XCrySDen的编译

下面是基于笔者修改的XCrySDen 1.6.2的源代码包的编译过程。前面说的笔者的预编译版如果能正常用就没必要自己编译。在CentOS 7.x和8.0下按以下方法都能编译通过。

运行以下命令安装编译过程要用的库
yum install libGL-devel libGLU-devel libXmu-devel

机子里应当已经装了gcc和gfortran,如果没装的话运行yum install gcc-gfortran来安装。

下载笔者修改的源代码包:http://sobereva.com/attach/564/xcrysden-1.6.2_src_sobereva.tar.gz。解压后进入其中,运行make all即可,大约5分钟就能编译完毕。之后直接运行./xcrysden即可启动。

对于某些CentOS版本,比如CentOS 7.4,编译中途可能失败,需要在解压目录下的Makefile中的X_LIB=后面加入-lXss选项,然后重新make all。经测试至少对于CentOS 7.7不用加这个。

关于笔者修改的XCrySDen源代码包的一些细节:Make.sys文件是在system/Make.sys-shared基础上修改的,原先的这个文件完全没法用,笔者改了许多地方才终于令编译能成功。具体改了哪些,自行对照Make.sys-shared就知道了。Makefile文件也做了修改,把all:后面的mesa去掉了,因为CentOS的源直接就有这个,通过前述的yum步骤已经安装了,因此就没必要再在make all的时候编译了。其实对于CentOS 8,由于源里的tcl/tk已经升为了XCrySDen 1.6.2要求的8.6版,因此不编译tcl/tk而直接通过源来装也不是不可以。另外,原本make all的时候会自动下载tcl、tk、Togl、fftw、bwidget包,但在大陆地区由于网速问题,很容易中途下载失败。因此笔者直接将这些压缩包放到了external/src目录下,这样编译过程中就会自动利用,而不自动下载这些包了。

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发表于 2020-7-22 07:26:27 | 显示全部楼层
谢谢社长的分享!

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发表于 2020-7-22 10:18:09 | 显示全部楼层
赞社长!当初为了编译Xcrysden被折磨得欲哭无泪  以后就方便啦!

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发表于 2020-8-16 18:45:46 | 显示全部楼层
大赞社长,这个软件一直看着眼馋
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发表于 2020-10-14 08:36:55 | 显示全部楼层
非常非常感谢社长,可以使用啦。第一次安装的时候打不开,后来运行yum install libGL-devel libGLU-devel libXmu-devel后,再使用社长修改的XCrySDen 1.6.2的源代码包编译就可以成功打开啦。我是Vmware 15.5, centos 7.8,可能之前是我的库不全吧。

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发表于 2020-12-26 12:25:17 | 显示全部楼层
社长您好,我在按照您的教程安装预编译的XCrySDen时,解压之后运行XCrySDen时出现了附件图片中的问题,,想请教一下这个应该怎么解决。
无标题.png

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发表于 2020-12-26 12:57:50 | 显示全部楼层
liujie2020 发表于 2020-12-26 12:25
社长您好,我在按照您的教程安装预编译的XCrySDen时,解压之后运行XCrySDen时出现了附件图片中的问题,,想 ...

社长,不好意思,补充一下,我在虚拟机中是可以运行的,但是我用SSH远程连接之后运行不了,我想解决这个问题

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发表于 2020-12-26 13:06:23 | 显示全部楼层
liujie2020 发表于 2020-12-26 12:57
社长,不好意思,补充一下,我在虚拟机中是可以运行的,但是我用SSH远程连接之后运行不了,我想解决这个 ...

社长,我安装了MobaXterm远程连接就行了,现在已解决,麻烦社长了
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