求助研究弱相互作用如何考虑溶剂的影响

junjiqiangzhe · 发表于 Post on 2020-7-22 14:56:13

老师您好，我想要研究两个小分子间的弱相互作用，这两个小分子极性都比较大（都含有羧基），而且实际的实验过程是在水溶液中进行的，所以溶剂水对其相互作用的影响应该会比较大。那么我是不是应该先用Gaussian的SMD模型对两个分子分别进行优化，然后再用genmer搜索构型呢？还是说无论是一开始用Gaussian优化单个分子，还是后面用genmer搜索构型，以及最后用Multiwfn研究相互作用全都必须考虑溶剂呢？总之就是我不知道应该在哪些阶段考虑溶剂的影响，以及不知道genmer和Multiwfn是如何考虑溶剂影响的，请您指点一二。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-22 18:20:58

只要不是局部显离子性的体系，像你这种情况在气相下优化和在溶剂模型下优化结构不会有多大差别。只需要在涉及到能量问题的时候考虑溶剂模型就够了。诸如用molclus计算和isostat筛选，溶剂效应对于不同构型的相对能量顺序影响可能很明显。还有在算结合能的时候，必须考虑溶剂效应。
做波函数分析的时候波函数文件也应当是在考虑了溶剂模型下产生的，因为极性溶剂环境会对电荷分布有显著的极化作用。

junjiqiangzhe · 发表于 Post on 2020-7-22 21:39:35

sobereva 发表于 2020-7-22 18:20
只要不是局部显离子性的体系，像你这种情况在气相下优化和在溶剂模型下优化结构不会有多大差别。只需要在涉 ...

谢谢老师，您说的“诸如用molclus计算和isostat筛选”时考虑溶剂模型，意思是我在用molclus优化初猜结构时，比如用molclus调用Gaussian做DFT计算时，需要在template.gjf的关键词中补充溶剂模型的语句是吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-23 00:18:59

junjiqiangzhe 发表于 2020-7-22 21:39
谢谢老师，您说的“诸如用molclus计算和isostat筛选”时考虑溶剂模型，意思是我在用molclus优化初猜结构 ...

是

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