求助拓扑文件参数设置

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-24 10:24:19

我在文献中找到了合适的力场参数，但是不知道如何应用。该把图一图二中的这些参数放到哪个文件中呢ffnonbonded.itp 还是ffbonded.itp中，请老师指导。参数截图如下，另外文献中用的为NAMD我用Gromacs应该没问题吧。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-24 23:45:15

范德华参数写入ffnonbonded.itp的[atomtypes]里，成键项参数写入ffbonded.itp相应的部分。原子电荷写入moleculetype的[atoms]里

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-25 10:59:24

sobereva 发表于 2020-7-24 23:45
范德华参数写入ffnonbonded.itp的[atomtypes]里，成键项参数写入ffbonded.itp相应的部分。原子电荷写入mole ...

Sob老师，我仔细对您的回复进行了学习，但是本人愚笨还不能够完全学会。我在附件中进行了标识（标注了每部分应放在哪个文件，仍有几部分不知道放在哪里）请您指点。

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[GROMACS] 求助拓扑文件参数设置