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[综合交流] 用VT-2005和MS软件算出来的Sigma-profile一样吗?感谢

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量化方法计算热力学性质,需要Sigma-profile。两种方法,一个是用此网站方法(https://www.design.che.vt.edu/VT-Databases.html#opennewwindow)先用MS(低版本),采用COSMO模型,算出片段电子密度分布,然后用FORTRAN语言编程计算得到分子的Sigma-profile;另一种方法是直接在高版本的MS(本人用2019版)直接勾选Use COSMO(见下图),计算完后,软件直接给出一个Sigma-profile。
我想知道的是,这两种方法算出来的Sigma-profile一样吗?都是纯组分的还是混合物的?看了很多资料,一直没搞明白,希望高手帮忙,非常感谢。

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第一原理惨品小作坊

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发表于 Post on 2020-7-24 22:35:28 | 只看该作者 Only view this author
低版本的也能给出来Sigma-profile,但是我没记错的话Sigma-profile做平均化的方式应该是不同的,得到的Sigma-profile都是纯组分的,后续会采用纯组分的COSMO-SAC程序来得到二组分互溶性质。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-25 10:26:20 | 只看该作者 Only view this author
to 卡开发发:又好好看了看,我的理解,就是COSMO-SAC是计算活度系数的模型,而要确定活度系数,必须知道分子间相互作用。该模型基本思想是,分子间相互作用,转化为带有屏蔽电荷的标准片段之间的相互作用(不同分子屏蔽电荷不同),就像基团贡献法那样。而后者并不能直接获得,但可以获得真实条件(针对几何优化构型)和理想条件(介电常数无穷大)之间的吉布斯自由能变。该自由能变的计算,首先通过配分函数(统计热力学,沟通宏观与微观),考虑片段之间相互作用(具体的有静电自由能,空穴构造自由能以及色散自由能)可以直接获得片段活度系数表达式,然后通过加和即可。该思路跟体系是纯体系还是混合体系无关,无论纯体系还是混合体系,均可以获得,只是对混合体系,与体系组分含量有关。
上述COSMO-SAC活度系数模型,采用了COSMO思想。亦即在计算吉布斯自由能过程中,将溶剂看成是理想导体(亦即介电常数无穷大,电子在其中移动无任何阻力)。但溶质分子本身是有极性的,于是在溶质占据的空腔表面,有与溶质极性相反的电荷分布。用这个近似(实际上溶剂并不理想,所以这样处理可以看成一种近似)替代溶质周围的溶剂(亦即用理想条件下产生的电场替代溶剂。既然是场,那么必然是连续的),有两个好处,一个由于自由度变少,计算上易于处理,另一个是物理意义明确,可以准确确定静电作用力。所以,COSMO只是一种思想,即将溶剂化看成是连续的导体产生的电场对溶质的影响。而COSMO-SAC利用了这样的思想,并结合其他知识,用以计算活度系数。
具体到MS软件,如果勾选Use COSMO,如果将介电常数自己输入一个很大的值(最高10000),那么也就相当于溶剂是理想的,而如果自己选择一个溶剂,则这是一个真实的溶剂,这就是推导活度系数公式过程的热力学循环中的第三个步骤,那么这时候就相当于将溶质分子从理想气体状态移到真实溶剂(凝聚相)中,此时进行的计算,叫做COSMO-RS,即在真实溶剂中的COSMO模型,这时候计算的活度系数,是无限稀释活度系数。
但这个COSMO-RS和COSMO-SAC关系又为何呢,还没太搞懂。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-25 10:41:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 skyang 于 2020-7-25 10:43 编辑

COSMO与COSMO-SAC,COSMO-RS之间的区别在于,后两者均引入了对相互作用表面的统计热力学处理!!!因为前者无法分辨介电常数相似的两个溶剂,比如环己烷和苯。引入了统计热力学处理中,考虑了基团的贡献。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-25 11:59:45 | 只看该作者 Only view this author
COSMO-RS最初在COSMOtherm软件开发中诞生(1999),但后来发表后,自我宣称是一个独立的模型,被命名为COSMO-SAC,但人们普遍认为,这就是COSMO-RS。所以,从今以后,只有COSMO-RS,而没有COSMO-SAC。
请参考Klamt2017

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发表于 Post on 2020-10-17 16:24:57 | 只看该作者 Only view this author
楼主你好,前段时间找人模拟计算了两个结构的Sigma-Profile,我不是搞理论计算的,想请教一下,这个Sigma-Profile能反应结构在溶剂模型中的溶解能力的大小么?能详细介绍一下么?十分感谢

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发表于 Post on 2021-4-9 13:45:23 | 只看该作者 Only view this author
可以请求楼主再发一下https://www.design.che.vt.edu/VT-Databases.html#opennewwindow 网址吗,我很想参考一下,但是打开后是404 地址错误。感谢!

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发表于 Post on 2022-12-5 18:57:48 | 只看该作者 Only view this author
neverland 发表于 2021-4-9 13:45
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

https://www.apps.che.vt.edu/Liu-2013/VT-Databases 不知道你还用不用得上

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发表于 Post on 2022-12-5 18:59:22 | 只看该作者 Only view this author
兄弟你解决了吗,可否赐教一下

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发表于 Post on 2024-4-11 00:28:08 | 只看该作者 Only view this author
同求sigmaprofile.exe软件

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