调用Multiwfn批量产生cube的脚本MCubeGen 1.0

zhangfuqiang

感谢作者，想用c++直接调用multiwfn，正为这个事情犯愁，忽然找到了这个脚本。呵呵，直接调用您这个，太感谢了！！！

zhangfuqiang

钟老师，没看到支持wfn。啥时加呀？

ggdh

zhangfuqiang 发表于 2021-8-2 16:06
钟老师，没看到支持wfn。啥时加呀？

好的  我看看哈

zhangfuqiang

钟老师，我看到只能处理fchk，有时间请把wfn也加进去。

胡说

钟老师，我发现这个脚本在产生空穴-电子等激发态cube时，会做多次完全一样的空穴-电子分析时，比如我需要S1的hole和ele对应的cube，它需要分别做两次空穴-电子分析来单独得到hole和ele的cube，实际上大部分激发态的cube，比如hole/electron/hole-electron overlap等，一个激发态只需要做1次空穴-电子分析就可以直接导出了，这样可以节省大量时间。另外有时候还需要空穴-电子分析产生的一些激发态指数，我觉得可以顺便就把Multiwfn的输出信息输出到一个文本文件（一个激发态对应一个，目前是只有最后一次运行Multiwfn会保留下来），方便不时之需，否则需要重新手动来做一次得到这些。

lyhong

老师你好，请问出现这样的问题如何解决？
PS E:\guass_files\test> python MCubeGen.py -c esp  -g 2 *.fchk
4.0 GB memory avaialbe
10 physical cores detected
Use 10 cores and ompstacksize is set to 0.3 GB
Multiwfn found in E:\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64
Warning!!! Gaussian not d in PATH
settings.ini is modified and copy to E:\guass_files\test
Set Multiwfnpath to E:\guass_files\test

胡说

钟老师，对于open shell体系，当fchk里Number of basis functions和Number of independent functions数目不一致时，如果要求产生beta的轨道，会出现轨道序号问题。
MCube脚本是通过Number of independent functions来判断轨道数目，这是fchk真实的轨道数，如下图：

但Multiwfn打开fchk显示的轨道数目与Number of basis functions数目一致，如下图：

因此，当两者不一致时，MCube得到的beta_homo的index不对应Multiwfn里的beta_homo轨道，所以最终得到的轨道也不对。
解决方法：MCube脚本里也通过Number of basis functions来得到轨道数目。

Cara

感谢老师的脚本，处理fchk非常方便。后续我还用它处理T激发态的molden，出了点问题。扔GPT里一顿锤，堆出了能够处理molden文件的脚本。不确定对闭壳层结构是否好用，开壳层我试着是没有问题的。