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[GROMACS] 请教关于GROMACS中Eq MD和Prod MD的问题

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楼主
各位老师好,最近开始自学GROMACS,想模拟有机分子的正己烷溶液,求扩散系数和mean square displacement。想请教几个基础问题:(1)对于有机溶液体系,能量最小化之后的Equilibrium MD步骤中,NVT,NPT和NVE都要跑吗?还是只跑其中的几个就可以?(2)Production MD的话是要跑NVE吗?还是其他的也可以?多谢各位老师。
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发表于 Post on 2020-7-31 22:48:59 | 只看该作者 Only view this author
跑NVE毫无意义。跑个NPT就可以,如果追求严谨,NPT平衡后跑NVT来统计这些量
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-1 00:14:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-31 23:48
跑NVE毫无意义。跑个NPT就可以,如果追求严谨,NPT平衡后跑NVT来统计这些量

多谢老师指点
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发表于 Post on 2020-8-1 21:17:52 | 只看该作者 Only view this author
与温度、密度等平衡态性质不同,MSD与属于dynamic property,NVE与加thermostat之后的结果不保证一致,换上NPT就更没保证了。算扩散建议还是平衡好之后跑NVE吧。

手边有一个Drude model的NVE和NVT扩散系数不同的例子,凑合着看。
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpclett.9b02983

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-2 10:19:02 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2020-8-1 22:17
与温度、密度等平衡态性质不同,MSD与属于dynamic property,NVE与加thermostat之后的结果不保证一致,换上 ...

非常感谢,我计算一下看看。
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