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[GROMACS] 求助Gromacs是否可以改变酸性条件

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本帖最后由 孙宝刚 于 2020-8-9 21:46 编辑

有几个Gromacs问题想请教老师:
1.水溶液是否能改变酸性条件(加入H离子)。
2.向水溶液中放入Ni2+,可以分析水与Ni2+的配位情况吗,我想看一下改变酸性条件Ni2+与水的配位是否会有变化。
3.目前是否有NiCl+、NiCL2、的力场参数。
4.有机物分子,酯类用什么力场合适。charmm还是oplss

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发表于 Post on 2020-8-10 05:02:56 | 只看该作者 Only view this author
1 没什么实际意义
2 可以分析。但一般酸性条件下H+浓度太低,分析不出来什么
3 Merz搞过二价Ni参数(J. Chem. Theory Comput. 2013, 9,  2733-2748),结合Cl-的参数可以模拟,但对于NiCl+、NiCl2描述程度好坏不好说
4 不存在OPLSS力场。GAFF、OPLS-AA、GROMOS、CGenFF都能用。我喜欢GAFF
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-10 18:42:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-10 05:02
1 没什么实际意义
2 可以分析。但一般酸性条件下H+浓度太低,分析不出来什么
3 Merz搞过二价Ni参数(J. C ...

对于问题三,我需要先建立NiCl+离子再整体放入体系,还是直接将Ni2+与Cl-直接放在溶液中(距离放的很近)。

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发表于 Post on 2020-8-11 06:26:38 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-8-10 18:42
对于问题三,我需要先建立NiCl+离子再整体放入体系,还是直接将Ni2+与Cl-直接放在溶液中(距离放的很近) ...

都行
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-11 08:53:51 | 只看该作者 Only view this author

将Ni2+与CL-放在一起,在一定程度可以表示Ni2+会与几个CL-进行配位吗。

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发表于 Post on 2020-8-11 09:10:17 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-8-11 08:53
将Ni2+与CL-放在一起,在一定程度可以表示Ni2+会与几个CL-进行配位吗。

力场得当就可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-11 09:50:48 | 只看该作者 Only view this author

好的谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-16 13:57:07 | 只看该作者 Only view this author

请教老师一下,我向水溶液中放入10个CO2+,20个NA+和40个CL-,进行了模拟。模拟后确实有的CL与CO距离变近,但是该怎么分析他们是形成配位以CoClx 的离子形式存在的呢。不知道下一步该怎么做了,请老师指点。

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发表于 Post on 2020-8-17 08:30:45 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-8-16 13:57
请教老师一下,我向水溶液中放入10个CO2+,20个NA+和40个CL-,进行了模拟。模拟后确实有的CL与CO距离变近 ...

自己写VMD的tcl脚本,循环所有Co,统计它附近特定距离以内的Cl数,从而统计形成CoClx的数目就完了
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sobereva 发表于 2020-8-17 08:30
自己写VMD的tcl脚本,循环所有Co,统计它附近特定距离以内的Cl数,从而统计形成CoClx的数目就完了

老师,我想问一下我想模拟一下NiCL-这个离子,可不可以自己建立一个离子A,参数σ=σ(Ni2+)+σ(CL-)
ε=ε(Ni2+)+ε(CL-)。

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发表于 Post on 2020-8-28 04:05:00 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-8-20 15:54
老师,我想问一下我想模拟一下NiCL-这个离子,可不可以自己建立一个离子A,参数σ=σ(Ni2+)+σ(CL-)
...

范德华参数是对于原子而言的,这么做没意义。
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