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[辅助/分析程序] Gaussian做二聚体的刚性扫描辅助程序

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发表于 Post on 2020-8-12 23:02:24 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-8-13 09:24 编辑

学习了一下sob大大的详谈使用Gaussian做势能面扫描一文,讲的十分详细。特别是辅助程序dimerscanxyz2QC这两个小程序提供了很大的便利。对于刚性扫描,dimerscan好像还不支持让其中一个单体在指定的方向上进行二维扫描,因此本着学习的目的,自己也仿照dimerscanxyz2QC的实现方式,写了一个辅助工具,结合两者部分功能,然后实现对任意单体任意方向上进行扫描,同时产生适用于Gaussian的批量输入文件。具体实例如下,所用例子均来自详谈使用Gaussian做势能面扫描一文。

1. 使用1
使用原博文中主-客体复合物的接触距离扫描实例。重复原博文中的例子可采用如下步骤,将dimer.txt和disscan程序拷到同一目录下,双击启动disscan依次输入:
  1. 1
  2. dimer.txt
  3. 89 150
  4. 2.8
  5. 30
  6. 0.15
  7. n
  8. q
复制代码
产生new_scan.xyz文件并退出程序,用vmd打开可看到轨迹运动情况与原文一致。
然后执行通过xtb批量计算一下单点能,作图:

energy_correct.png
使用该博文中苯酚二聚体的氢键距离扫描,如下图:
phenoldimer.png

2. 使用2
同样使用原博文中主-客体复合物的接触距离扫描实例。但是我仅仅是让单体2沿着x轴方向进行运动,则只需要按照如下步骤:
  1. 1
  2. dimer.txt
  3. 150 150
  4. -10
  5. 100
  6. 0.2
  7. 1
  8. y
  9. 1
  10. 1-101
  11. q
复制代码
产生new_scan.xyz文件并退出程序,用vmd打开可看到轨迹运动情况是正确的。这里的距离指的是单体2相对于原来位置的距离值。
最后得到如下图:

xx.png

输入需要计算的帧数范围,就能够基于模板产生多步gaussian输入文件。帧数范围支持-,,比如1-5,8,10-14,字符之间不能有任何空格。

3. 使用3
使用原博文中主-客体复合物的接触距离扫描实例。但是我仅仅是让单体2沿着x和z轴中线正方向进行运动,则只需要按照如下步骤:
  1. 1
  2. dimer.txt
  3. 150 150
  4. 0
  5. 100
  6. 0.2
  7. 4
  8. 1 0 1
  9. y
  10. 1
  11. 1-101
  12. q
复制代码

4. 使用4
直接转换多帧xyz文件为gaussian输入单文件:
  1. 2
  2. new_scan.xyz
  3. 1
  4. 1-101
  5. q
复制代码


或者多个文件:

  1. 2
  2. new_scan.xyz
  3. 2
  4. 1-101
  5. 0
  6. q
复制代码

分开输出多个gjf文件时也支持自定义前缀,序号采用的是最大帧位数为基准,比如输出100个文件,文件名自动从001到100,输出前1000个话,就是0001到1000等等。

5. 注意
输入两个原子编号的时候中间是空格或者回车也可以,与原文中的逗号不同




disscan.exe

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disscan.linux

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发表于 Post on 2020-8-13 07:40:24 | 显示全部楼层 Show all
dimerscan原理上也可以做某个方向的扫描,只不过在此之前需要先设两个虚原子通过其连线用于指定移动片段的方向
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-26 20:30:12 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-8-13 07:40
dimerscan原理上也可以做某个方向的扫描,只不过在此之前需要先设两个虚原子通过其连线用于指定移动片段的 ...

你好,老师,可不可以详细说说怎么设置?

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发表于 Post on 2022-5-27 03:16:40 | 显示全部楼层 Show all
Chela 发表于 2022-5-26 20:30
你好,老师,可不可以详细说说怎么设置?

1 搞清楚gview里怎么设置虚原子
2 看下文搞清楚怎么用dimerscan
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html

然后自然就会了
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发表于 Post on 2022-5-28 16:51:30 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-5-27 03:16
1 搞清楚gview里怎么设置虚原子
2 看下文搞清楚怎么用dimerscan
详谈使用Gaussian做势能面扫描

好的,十分感谢老师!

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