求助 水盒子nvt平衡问题

lqhenwunai

大家好，正在学习使用gromacs。请问一下，我现在是392个水分子在300K下nvt系综下跑，用的是tip3p力场。之后又续跑到100ns。但是总能量还是显示没有收敛。请问这样正常么？如果不正常，请问应该检查哪里呢？总能量变化如下图。
以下是我的mdp文件：
title                   = water in a box

; Run parameters
integrator              = md        ; leap-frog integrator
nsteps                  = 100000     ; 2 * 100000 = 200 ps
dt                      = 0.002     ; 2 fs
; Output control
nstxout                 = 500       ; save coordinates every 1.0 ps
nstvout                 = 500       ; save velocities every 1.0 ps
nstenergy               = 500       ; save energies every 1.0 ps
nstlog                  = 500       ; update log file every 1.0 ps
; Bond parameters
continuation            = no        ; first dynamics run
cutoff-scheme           = Verlet    ; Buffered neighbor searching
ns_type                 = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist                 = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb                = 1.0       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                    = 1.0       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
DispCorr                = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Electrostatics
coulombtype             = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order               = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing          = 0.16      ; grid spacing for FFT

; Pressure coupling is off
pcoupl                  = no        ; no pressure coupling in NVT
; Periodic boundary conditions
pbc                     = xyz       ; 3-D PBC
; Velocity generation
gen_vel                 = yes       ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp                = 300       ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed                = -1        ; generate a random seed

jimulation

预平衡阶段改用NPT试试？

lqhenwunai

jimulation 发表于 2020-8-16 11:10
预平衡阶段改用NPT试试？

谢谢。不过NPT是不是更不容易平衡？

sobereva

用NVT完全莫名其妙
若无特殊情况一律用NPT，不控压盒子怎么自发调节到合适？
水盒子这么简单的体系跑个几百ps就足够充分平衡了。

jimulation

lqhenwunai 发表于 2020-8-16 11:15
谢谢。不过NPT是不是更不容易平衡？

NPT用来把体系的密度调整到相对合理，你贴出的mdp应该就是这个阶段的，200ps

lqhenwunai

sobereva 发表于 2020-8-16 11:16
用NVT完全莫名其妙
若无特殊情况一律用NPT，不控压盒子怎么自发调节到合适？
水盒子这么简单的体系跑个几 ...

将来我是要在给定体积下进行模拟，所以需要固定体积。

lqhenwunai

jimulation 发表于 2020-8-16 11:17
NPT用来把体系的密度调整到相对合理，你贴出的mdp应该就是这个阶段的，200ps

好的。谢谢。我试一下。

sobereva

lqhenwunai 发表于 2020-8-16 11:25
将来我是要在给定体积下进行模拟，所以需要固定体积。

你也得先平衡了才能做NVT模拟，盒子大小都不合适，做NVT有什么意义？
如果你就是想模拟给定体积的盒子下的情况，发帖时就必须明确说清楚。

另外，模拟纯水属性不要用tip3p这种严重过时的水模型，发文章等着挨批。