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[Gaussian/gview] 使用Gaussian时的几个实用脚本和命令

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发表于 Post on 2014-11-5 06:55:43 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令

文/Sobereva @北京科音
First release: 2014-Nov-5  Last update: 2022-Jun-6


本文提供几个平时Gaussian计算时常用的简单小脚本和命令,对于实际研究很有用处,也希望读者能举一反三。另外也非常建议读者看看《详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法》(http://sobereva.com/612),里面对脚本编写有深入浅出的介绍和不少例子,仔细看过后就能轻松理解下文介绍的各种脚本并随意改编。


1 依次执行多个指令

比如要依次执行g09 < 1.gjf > 1.out、g09 < 2.gjf > 2.out、g09 < 3.gjf > 3.out,可以只输入一条命令,每条命令间用分号隔开:
g09 < 1.gjf > 1.out;g09 < 2.gjf > 2.out;g09 < 3.gjf > 3.out

也可以写一个文本文件比如t.sh,里面写上
g09 < 1.gjf > 1.out
g09 < 2.gjf > 2.out
g09 < 3.gjf > 3.out
然后用chmod +x *给它加上可执行权限,再输入./t.sh运行即可(后同)。

如果不让指令依次执行,而是同时执行,把每行命令后面都加上&即可。


2 一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件

把以下内容存到比如runall.sh里,然后执行之即可。会把每个.gjf文件用g09执行,生成同文件名但后缀为.out的输出文件。脚本会提示正在运行哪个文件、总共有多少要算的、当前算的是第几个,每个运行完之后还会输出用时多少。
  1. #!/bin/bash
  2. icc=0
  3. nfile=`ls ./*.gjf|wc -l`
  4. for inf in *.gjf
  5. do
  6. ((icc++))
  7. echo Running ${inf} ... \($icc of $nfile\)
  8. time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
  9. echo ${inf} has finished
  10. echo
  11. done
复制代码

PS:如果是windows环境,需要写DOS批处理脚本,实现方式见《从高斯windows下的批量执行谈DOS批处理文件》(http://sobereva.com/6


3 一次性把当前目录下所有chk文件转换为fchk文件

把以下内容存到比如chk2fch.sh里,然后执行之即可。会依次调用formchk把当前目录下每个chk转换为同文件名的.fchk文件。
  1. #!/bin/bash
  2. for inf in *.chk
  3. do
  4. formchk ${inf}
  5. done
复制代码


4 一次性执行当前文件夹下所有子目录里的Gaussian输入文件

此脚本会依次进入当前目录下的每个下一级目录,并把其中的.gjf都依次执行,产生的.out文件的文件名和所在位置都和输入文件相同。把以下内容存到比如folder_runall.sh里,然后执行它之即可。
  1. #!/bin/bash
  2. shopt -s nullglob
  3. for i in `ls -F |grep /`
  4. do
  5. cd $i
  6. for inf in *.gjf
  7. do
  8. echo Running ${inf} ...
  9. time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
  10. echo ${inf} has finished
  11. echo
  12. done
  13. cd ..
  14. done
复制代码

上面的脚本只能进入下一级的目录,而再下一级的目录(或者更深的目录)里的.gjf文件,以及当前目录下的.gjf文件都不会执行。如果想把这些.gjf也都执行,应当把以下内容存到比如allfolder_runall.sh里,然后执行它。为清楚起见,每次进入新的目录时屏幕上都会提示。
  1. #!/bin/bash
  2. shopt -s nullglob
  3. for i in `ls -R |grep :|tr : " "`
  4. do
  5. echo
  6. cd $i
  7. echo "****** Entered" $i folder;echo
  8. for inf in *.gjf
  9. do
  10. echo Running ${inf} ...
  11. time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
  12. echo ${inf} has finished;echo
  13. done
  14. cd - > /dev/null
  15. done
复制代码


5 字符替换

下面这个方法可以批量修改计算的级别和任务类型。

例如将当前目录下包括任意级子目录下的.gjf中的M062X替换为B3LYP,执行:sed -i "s/M062X/B3LYP/g" `grep M062X -rl *|grep .gjf`

如果要替换的字符有*、/这样的符号,需要前面加上\避免被sed转义。比如6-31G**需要写成6-31G\*\*,M062X/cc-pVTZ需要写成M062X\/cc-pVTZ。另外,如果有括号或空格出现,那么grep后面应该用双引号括住。
例如把MP2/6-311+G(2d,p)都替换成M062X/6-31G*:sed -i "s/MP2\/6-311+G(2d,p)/M062X\/6-31G\*/g" `grep "MP2/6-311+G(2d,p)" -rl *|grep .gjf`
例如把opt freq都替换成NMR关键词:sed -i "s/opt freq/NMR/g" `grep "opt freq" -rl *|grep .gjf`

如果只想替换当前目录下的.gjf,则把-rl改成-l即可。如果想处理所有文件而不仅限于.gjf,则把|grep .gjf部分删掉即可。


6 批量删除文件

用下面的命令可以删除当前目录和任意级子目录下的所有.out文件
find ./ -name "*.out"|xargs rm -f


7 显示几何优化收敛情况

这个很简单。比如C4H8.out是几何优化输出文件,执行
grep Converged C4H8.out -A4
就会把当前的优化收敛情况输出出来。

如果执行
grep Converged C4H8.out -c
就会输出匹配的次数,也就是相当于显示优化到了第几步了。

也可以执行grep -E "out of|Converged" C4H8.out -A4。这样步数和收敛情况都会输出。


8 做Counterpoise任务时只用一半的BSSE校正能

笔者在《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》(http://sobereva.com/46)专门谈过BSSE校正问题。在J. Chem. Theory Comput., 10, 49 (2014)文中,作者建议对于<= aug-cc-pVTZ档次基组的计算时如果用Counterpoise方式考虑BSSE,应当只用一半BSSE校正能。但是直接用Gaussian的Counterpoise关键词只会产生不考虑和考虑完整的BSSE校正能的情况。如果把以下脚本放到当前目录,而且当前目录里有一批使用了Counterpoise关键词的.log输出文件,程序就会计算出只使用了一半BSSE校正能的结果。
  1. for filename in `ls -v *.log`
  2. do
  3. echo $filename":"
  4. Edimer=`grep "Counterpoise corrected energy =" $filename | awk -F = '{print $2}'`
  5. EBSSE=`grep "BSSE energy =" $filename | awk -F = '{print $2}'`
  6. Esum=`grep "sum of fragments =" $filename | awk -F = '{print $2}'`
  7. echo "($Edimer-$EBSSE*0.5-$Esum)*627.51" |bc | awk '{printf "%6.2f", $0}'
  8. echo " kcal/mol"
  9. done
复制代码

结果显示在屏幕上,如下所示
1.log:
-3.03 kcal/mol
2.log:
-31.46 kcal/mol
3.log:
-20.91 kcal/mol
...略



9 将当前目录下所有Gaussian输出文件(out)转换为输入文件(gjf)

参见下文,需要利用Multiwfn程序。
一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本
http://sobereva.com/530http://bbs.keinsci.com/thread-16161-1-1.html


10 显示当前目录下所有out文件最后一次SCF Done的能量

比如当前目录下有一大批分子做几何优化的输出信息,我们想把最后一次含有SCF Done的行连同输出文件名显示出来,由此得到每个体系最终结构下的电子能量,可以用以下脚本
  1. #!/bin/bash
  2. for inf in *.out
  3. do
  4. tac $inf | grep -m 1 "SCF Done" | tr '\n' ' '
  5. echo $inf
  6. done
复制代码

输出信息示例:
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -619.115825500     A.U. after    1 cycles C16H16.out
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -696.562886104     A.U. after    1 cycles C18H18.out
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -773.962700591     A.U. after    1 cycles C20H20.out
...略

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发表于 Post on 2015-3-18 14:15:14 | 显示全部楼层 Show all
例如将当前目录下包括任意级子目录下的.gjf中的M062X替换为B3LYP,执行:sed -i "s/M062X/B3LYP/g" `grep M062X -rl *|grep .gjf`

我在linux下执行:sed -i "s/pbe1pbe/B3LYP/g" `grep pbe1pbe -rl *|grep .gjf`时,出现如下错误:sed: no input file。可是我的当前目录下有13个gjf文件呢!

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发表于 Post on 2015-3-18 15:11:14 | 显示全部楼层 Show all
脚本1可以都简化成 g09 1.gjf &; g09 2.gjf &;  g09 3.gjf &  和
g09 1.gjf
g09 2.gjf
g09 3.gjf
吗?   到用时候试一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-18 17:59:04 | 显示全部楼层 Show all
jiameiye 发表于 2015-3-18 15:11
脚本1可以都简化成 g09 1.gjf &; g09 2.gjf &;  g09 3.gjf &  和
g09 1.gjf
g09 2.gjf

也可以,这样的话输出文件名会和输入文件名相同,并且后缀是log(对于Linux版来说)
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发表于 Post on 2015-3-18 19:07:36 | 显示全部楼层 Show all
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发表于 Post on 2015-5-9 13:24:51 | 显示全部楼层 Show all
很适合初学者的脚本

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发表于 Post on 2015-5-30 16:26:45 | 显示全部楼层 Show all
1 依次执行多个指令
并行  ls *gjf|xargs -I @ echo "nohup g09 @ &" >list;sh list
串行  ls *gjf|xargs -I @ echo -e "nohup g09 @ &\nwait\n" >list;sh list
http://pymol.chenzhaoqiang.com/index.html

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发表于 Post on 2015-5-30 16:28:07 | 显示全部楼层 Show all
3 一次性把当前目录下所有chk文件转换为fchk文件
ls *.chk|xargs -I @ echo "formchk  @"  >list;sh list
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