Gaussain 特别奇怪的问题 （L101 这步？)

abdoman

最近用gaussain做amber 小分子动力学的参数
小分子来源于pdb code: 3B92。
对于计算的参数是用antechamber生成的。
gaussain 版本 g09 C01. （默认自定义参数 -#- CacheSize=65536）

问题： 计算在L101 这步假死，程序一直显示运行中，但是N 久不更新。（10h +)
L101 无非就是初始化，实在不知问题在何处, 还望有经验者指点。
------- 完整输入-----
--Link1--
%nproc=8
%chk=molecule
#HF/6-31G* SCF=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt

remark line goes here

0   1
    C   -0.4427000000       60.4983000000       86.2452000000
    H   -1.0322000000       60.8883000000       87.0308000000
    C   -0.6995000000       59.2224000000       85.7569000000
    H   -1.5010000000       58.6561000000       86.1553000000
    C    1.1601000000       59.4190000000       84.2352000000
    H    1.7802000000       59.0045000000       83.4798000000
    C    1.4125000000       60.7003000000       84.7056000000
    H    2.2201000000       61.2671000000       84.3240000000
    C    0.5936000000       61.2443000000       85.6862000000
    O    0.8535000000       62.5378000000       86.0633000000
    C   -0.0216000000       63.4218000000       86.8002000000
    H    0.5442000000       64.2883000000       87.1100000000
    H   -0.4695000000       62.9058000000       87.6294000000
    C   -2.8305000000       64.6658000000       84.0136000000
    H   -2.2838000000       65.2904000000       83.3229000000
    H   -3.5854000000       65.2335000000       84.5338000000
    H   -3.2443000000       63.7972000000       83.5221000000
    C   -1.8631000000       64.1935000000       85.0256000000
    C   -1.0564000000       63.8381000000       85.8272000000
    C    0.0861000000       58.6781000000       84.7388000000
    O   -1.7499000000       56.9332000000       84.0152000000
    O    0.3157000000       57.0191000000       82.7354000000
    S   -0.3237000000       57.0919000000       84.0113000000
    C    0.3811000000       55.8470000000       85.0923000000
    H    0.6727000000       54.9644000000       84.5404000000
    H   -0.3249000000       55.5437000000       85.8504000000
    C    1.6478000000       56.1845000000       85.9100000000
    H    1.7954000000       55.4108000000       86.6640000000
    H    1.5302000000       57.1501000000       86.4015000000
    C    2.8434000000       56.1826000000       84.9520000000
    H    2.6598000000       56.8504000000       84.1077000000
    H    3.0202000000       55.1742000000       84.5678000000
    S    4.2903000000       56.7561000000       85.8725000000
    H    5.3554000000       56.7673000000       85.0661000000


=== 以上输入最后有2个空行 ======

以下是部分输出：
---------------------
remark line goes here
---------------------
Charge =  0 Multiplicity = 1
Symbolic Z-Matrix:
C                    -0.4427    60.4983   86.2452
H                    -1.0322    60.8883   87.0308
C                    -0.6995    59.2224   85.7569
H                    -1.501     58.6561   86.1553
C                     1.1601    59.419    84.2352
H                     1.7802    59.0045   83.4798
C                     1.4125    60.7003   84.7056
H                     2.2201    61.2671   84.324
C                     0.5936    61.2443   85.6862
O                     0.8535    62.5378   86.0633
C                    -0.0216    63.4218   86.8002
H                     0.5442    64.2883   87.11
H                    -0.4695    62.9058   87.6294
C                    -2.8305    64.6658   84.0136
H                    -2.2838    65.2904   83.3229
H                    -3.5854    65.2335   84.5338
H                    -3.2443    63.7972   83.5221
C                    -1.8631    64.1935   85.0256
C                    -1.0564    63.8381   85.8272
C                     0.0861    58.6781   84.7388
O                    -1.7499    56.9332   84.0152
O                     0.3157    57.0191   82.7354
S                    -0.3237    57.0919   84.0113
C                     0.3811    55.847    85.0923
H                     0.6727    54.9644   84.5404
H                    -0.3249    55.5437   85.8504
C                     1.6478    56.1845   85.91
H                     1.7954    55.4108   86.664
H                     1.5302    57.1501   86.4015
C                     2.8434    56.1826   84.952
H                     2.6598    56.8504   84.1077
H                     3.0202    55.1742   84.5678
S                     4.2903    56.7561   85.8725
H                     5.3554    56.7673   85.0661

"lig_init_gau.out" 144L, 6419C                                                                                    144,1         Bot

sobereva

开头的--Link1--去掉再试
还不行就换个机子。

abdoman

sobereva 发表于 2015-10-13 15:40
开头的--Link1--去掉再试
还不行就换个机子。

开头去掉试过，没关系。

liyuanhe211

看输入应该没问题，拿windows也顺利跑过101，应该是计算机的什么问题。

abdoman

liyuanhe211 发表于 2015-10-14 02:15
看输入应该没问题，拿windows也顺利跑过101，应该是计算机的什么问题。

非常感谢。就是不明白，明明没有问题，就是过不去？？？

liyuanhe211

abdoman 发表于 2015-10-14 07:24
非常感谢。就是不明白，明明没有问题，就是过不去？？？

换路径，重装程序，重装系统，换计算机试试。做对照试验逐个排除问题

pwzhou

换D01试试，我记得以前有遇到类似的问题，换成D01就没问题了。

abdoman

pwzhou 发表于 2015-10-15 13:52
换D01试试，我记得以前有遇到类似的问题，换成D01就没问题了。

非常感谢。
我也觉得版本问题。这不，没有D01 嘛。
最后只好用bcc 电荷凑合来。

stecue

看起来是那几个三键附近的原子由于在同一直线上造成内坐标无法定义。用opt=Cartesian可过L101并继续优化。
或者适当改变一下原子顺序使得那几个三键周围的原子不会形成无良好定义的内坐标也可以过101？（简单试了一下尚未成功）

另外，手动算AMBER的RESP电荷的时候不是应该用b3lyp/6-31g(d)算结构，然后hf/6-31G(d)算电荷吗？

abdoman

stecue 发表于 2015-11-3 05:10
看起来是那几个三键附近的原子由于在同一直线上造成内坐标无法定义。用opt=Cartesian可过L101并继续优化。
...

B3lyp速度上比较有优势吧，
优化的结果上来说， hf和b3lyp 应该没有多大区别。
小分子来说，速度也没有多大区别，而且本人对泛函不太感冒。。。

sobereva

abdoman 发表于 2016-1-15 22:49
B3lyp速度上比较有优势吧，
优化的结果上来说， hf和b3lyp 应该没有多大区别。
小分子来说，速度也没有 ...

B3LYP速度只会比HF慢，因为要计算交换势的积分，但不会慢太多
优化的结果会略有区别，由于速度基本相同，没必要用HF
由于B3LYP优化更准，所以优化适合B3LYP。由于HF算的偶极矩会高估，等效体现了溶剂的极化效应，所以RESP电荷适合在HF下拟合。

2019-May-15补充：此处的说法已经过时。目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速、灵活和方便，见下文，文中也专门说了应该在什么级别下计算RESP电荷
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）