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[Amber] 求助:关于tleap建立模型的问题

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楼主
各位老师好,我现在手中已经有了A和B两个有机小分子的pdb,每个分子包含的原子数目都在100左右,我也构建了A和B相关的力场参数,现在想构建一个A和B分子数之比为1:54的复合物体系,之后在amber中跑动力学,想问一下如何用amber中的tleap来实现呢?B分子也不是溶剂,两者就是构成一个掺杂的体系,这个tleap应该怎么构建呢?谢谢各位老师了。

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发表于 Post on 2020-8-21 23:46:46 | 只看该作者 Only view this author
你先用packmol建一个1:54的体系,再按照正常的方法用tleap生成prmtop文件就行了

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发表于 Post on 2020-8-22 09:01:55 | 只看该作者 Only view this author
Molclus(http://www.keinsci.com/research/molclus.html
用Molclus构建1:54体系
上海交通大学计算化学与分子生物信息学实验室
Shanghai JiaoTong University
Computational Chemistry and Molecular Bioinformatics Laboratory

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-22 12:40:38 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2020-8-21 23:46
你先用packmol建一个1:54的体系,再按照正常的方法用tleap生成prmtop文件就行了

谢谢,是只能用packmol来进行建立是么 ,因为也没用过packmol建立体系,正常的tleap是不能搭建一个这样的体系的是么

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-22 12:42:33 | 只看该作者 Only view this author
DoubeeTwT 发表于 2020-8-22 09:01
Molclus(http://www.keinsci.com/research/molclus.html)
用Molclus构建1:54体系

谢谢,我没用过这个molclus,我还是一个新手,想问一下如果用molclus搭建完体系,还能再amber里面跑动力学么~

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发表于 Post on 2020-8-27 01:56:28 | 只看该作者 Only view this author
任嘉人amber 发表于 2020-8-22 12:42
谢谢,我没用过这个molclus,我还是一个新手,想问一下如果用molclus搭建完体系,还能再amber里面跑动力 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-27 17:27:34 | 只看该作者 Only view this author

老师,我还有一个问题就是能不能把tleap溶剂盒子里面的溶剂分子替换成我的物质B呢,这样是不是单独用tleap就可以完成了呢?然后这个packmol和molclus这两个搭建结构有什么区别么?新手问题比较多,谢谢老师了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-27 20:20:36 | 只看该作者 Only view this author

老师,我看了molclus的相关内容,我这个体系比较大,1个A和54个B一共4000多个原子,我可以用molclus中的genmer第一步先建立初始构型,但是到了第二步molclus对每一个构型进行优化,我就不知道应该用什么了,能用amber中的动力学进行优化么,我看文章中也没有,针对我这么大的体系,第二步要怎么优化呢,希望老师能给予指导,谢谢老师了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-27 21:42:34 | 只看该作者 Only view this author
老师,我能不能用tleap直接载入A=loadpdb A.pdb然后B=loadpdb B.pdb,最后用solvatebox A B 10.0这个命令,然后通过改变盒子大小来调节A和B的分子数之比呢。因为我觉得amber中已经存在溶剂盒子了,我的想法是想用我的B分子去替换已经构建好的溶剂盒子里面的溶剂,但是我就不知道我应该怎么做,因为后面想用amber直接跑动力学,所以觉得用别的搭建的结构可能不如直接用溶剂盒子合理一些,并且我这个体系比较大,4000多个原子,没法用molclus先随机分布再用其他软件进行优化,还希望老师能予以指导,再次谢谢老师了

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发表于 Post on 2020-8-28 03:41:22 | 只看该作者 Only view this author
直接packmol产生结构,分子数直接是你自己设的,然后照常跑能量极小化和动力学就完了,别想太多。做NPT的时候盒子会自发调节好
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 10:49:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-28 03:41
直接packmol产生结构,分子数直接是你自己设的,然后照常跑能量极小化和动力学就完了,别想太多。做NPT的时 ...

谢谢老师,好哒,我这就试试

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