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[GROMACS] 求助 关于调用LigParGen 生成的itp文件

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Level 4 (黑子)

大家好,请问一下,我用LigParGen生成分子.itp文件, topol.itp。然后我在我的.top文件里这样调用:

#include "topol.itp"

[ system ]
PC

[ molecules ]
LIG   178


结果显示:

Fatal error:
Syntax error - File topol.itp, line 6
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

请问这是怎么回事呢?


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发表于 Post on 2020-9-11 08:14:09 | 只看该作者 Only view this author
该有的字段必须都得有,而且顺序必须满足要求


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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3#
发表于 Post on 2021-8-21 21:56:00 | 只看该作者 Only view this author
ATB网站上分子的itp里就没有  [ atomtypes ] 这一项,这该怎么办呢?

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发表于 Post on 2021-9-8 06:25:18 | 只看该作者 Only view this author
zhaoxy008 发表于 2021-8-21 21:56
ATB网站上分子的itp里就没有  [ atomtypes ] 这一项,这该怎么办呢?

在ATB网站提供的修改版GROMOS力场包里
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