在VMD中显示Gaussian计算的原子受力

wanan · 发表于 Post on 2023-10-17 16:52:02

sobereva 发表于 2023-10-16 23:30
所有原子的箭头粗细是相同的，由开头的set rad 0.1决定
判断大小就是tcl语法层面的问题，看看http://bbs ...

请问sob老师，您上面给出的例3中的紫色箭头和绿色箭头的长短要怎么调整呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-17 21:00:22

wanan 发表于 2023-10-17 16:52
请问sob老师，您上面给出的例3中的紫色箭头和绿色箭头的长短要怎么调整呢？

脚本里传给drawarrow命令的受力矢量$fx($i) $fy($i) $fz($i)的模对应箭头长度
显然从drawarrow脚本里你可以看到具体命令是怎么构成的，涉及到利用VMD内置的绘制cone和cylinder的命令。自己用这样的命令绘制箭头时显然恰当给定端点的坐标就完了，cylinder的两个端点坐标间的距离对应箭头的圆柱部分的长度

wanan · 发表于 Post on 2023-10-18 09:14:59

sobereva 发表于 2023-10-17 21:00
脚本里传给drawarrow命令的受力矢量$fx($i) $fy($i) $fz($i)的模对应箭头长度
显然从drawarrow脚本里你 ...

好的，谢谢老师

heidou · 发表于 Post on 2024-2-2 15:52:03

各位老师好，
我在计算原子力时，把pdb文件载入到VMD里，回车后会显示invalid command name "D:LenovosoftstoreVMDlm318-force.pdb". 然后我编辑forcevec.tcl后在VMD的文本窗口里输入source forcevec.tcl，回车会显示couldn't read file "forcevec.tcl":no such file or directory.编辑的内容如下图以及它的log文件部分输出图。请给位老师帮忙看一下哪里有错误，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-3 05:04:05

heidou 发表于 2024-2-2 15:52
各位老师好，
我在计算原子力时，把pdb文件载入到VMD里，回车后会显示invalid command name "D:Lenovosoft ...

pdb往VMD main里拖，别拖到文本窗口里

heidou · 发表于 Post on 2024-2-3 10:10:46

sobereva 发表于 2024-2-3 05:04
pdb往VMD main里拖，别拖到文本窗口里

好的，谢谢sob老师

heidou · 发表于 Post on 2024-2-4 08:52:42

sob老师，您好！
请问如果要计算第二激发态的原子受力图，是不是在TD后面加上（nstates=6,root=2）就可以了，麻烦老师了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-5 03:56:11

heidou 发表于 2024-2-4 08:52
sob老师，您好！
请问如果要计算第二激发态的原子受力图，是不是在TD后面加上（nstates=6,root=2）就可以 ...

是

heidou · 发表于 Post on 2024-2-17 10:41:35

sobereva 发表于 2024-2-5 03:56
是

好的，谢谢Sob老师

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