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[GROMACS] 求助: 扩散系数和文献有差异

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发表于 6 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位前辈及sob老师好:

      我的体系是离子液体,在用Gromacs msd 计算阴离子的扩散系数时,在400K-600K时计算得到的几个扩散系数和文献非常接近,但是在400K以下得到的扩散系数比文献上高1-2个数量级,我的模拟过程是平衡相在对应的温度下NPT平衡20ns,然后产生相在NPT平衡50ns(v-rescale热浴+PR压浴),得到的密度,能量-时间曲线是稳定的。为了确保不是精度的问题,我采用双精度计算了10ns的产生相,得到的系数和单精度下相符,但仍然和文献上有数量级上的差异,想请问一下大家这中情况该怎么办呢?

      谢谢各位老师!

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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
本帖最后由 k64_cc 于 2020-9-15 11:41 编辑

这里的“文献”是实验结果还是模拟结果?你跑MSD用的轨迹是NVT下的还是NPT下的?你的模拟体系在这个温度跨度下有没有相变?
跑MSD建议在NPT平衡之后再换回NVT做,NPT会放缩盒子,影响自相关函数。不过按理说也不应该差这么多

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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
k64_cc 发表于 2020-9-15 11:38
这里的“文献”是实验结果还是模拟结果?你跑MSD用的轨迹是NVT下的还是NPT下的?你的模拟体系在这个温度跨 ...

是与一篇文献的模拟结果对比的,为了和文献保持一致,力场参数来自于该文献,并且全部都在NPT下模拟,在当前的模拟温度下没有相变,和文献的模拟结果300K相差很大.有几个问题想请教:
1.使用gmx计算的时候,是选取msd-t图中比较光滑平直的部分对吧?但是这样的话,如何保证是在扩散区?
2.从其他文献上来看,室温下的离子液体的扩散系数比水的小两个数量级,我的是满足的.但是和对比的文献不同,这该怎么办呢?

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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
北京的大猫 发表于 2020-9-15 14:37
是与一篇文献的模拟结果对比的,为了和文献保持一致,力场参数来自于该文献,并且全部都在NPT下模拟,在当前 ...

1 是。扩散行为本身就是一直不断进行的,没听说过扩散区的说法
2 没细节不好说,再看看其它模拟文章里的数据什么样。也看看模拟的其它属性和文献里报道的是否相符。
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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
北京的大猫 发表于 2020-9-15 14:37
是与一篇文献的模拟结果对比的,为了和文献保持一致,力场参数来自于该文献,并且全部都在NPT下模拟,在当前 ...

其他模拟细节也和文献一致么?尤其是“v-rescale热浴”能准确模拟扩散么,换成nose-hover更好?

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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-15 15:13
1 是。扩散行为本身就是一直不断进行的,没听说过扩散区的说法
2 没细节不好说,再看看其它模拟文章里的 ...

好的,谢谢sob老师.

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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
bobosiji 发表于 2020-9-15 21:49
其他模拟细节也和文献一致么?尤其是“v-rescale热浴”能准确模拟扩散么,换成nose-hover更好?

嗯?不是说v-resclae热浴比nose-hoover热浴更好吗?N-H热浴还有非遍历性的缺陷.我记得sob老师的讲义上是这么说的.我对比的文献里也没说用的啥热浴.
谢谢您!

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
北京的大猫 发表于 2020-9-16 09:02
嗯?不是说v-resclae热浴比nose-hoover热浴更好吗?N-H热浴还有非遍历性的缺陷.我记得sob老师的讲义上是这 ...

模拟动态性质,v-resclae应该能用,但nose-hoover更好

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 楼主| 发表于 3 天前 | 显示全部楼层
bobosiji 发表于 2020-9-16 09:34
模拟动态性质,v-resclae应该能用,但nose-hoover更好

谢谢您
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