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[ORCA] 关于Intel mpi 和openmpi冲突导致orca无法进行并行计算的问题

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发表于 5 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师好:
最近我参照社长的博文安装了orca,但是也遇到了OpenMPI和其他MPI冲突的问题,在我的机器上,由于需要运行VASP,所以装了Intelmpi。


输入mpiexec -V,显示如下
Intel(R) MPI Library for Linux* OS, 64-bit applications, Version 5.0 Update 1  Build 20140709
Copyright (C) 2003-2014 Intel Corporation.  All rights reserved.

输入which mpiexec,显示
/opt/intel/impi/5.0.1.035/intel64/bin/mpiexec

设置多核并行计算时候报错
ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: mpirun -np 8  /data/share/ORCA/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_scf_mpi test.gbw b test

我将.bashrc中的IntelMPI配置语句注释掉,并且修改$PATH和$LD_LIBRARY_PATH到openmpi路径后面,但是依旧运行不成功,请问还有没有其他的解决办法?谢谢!


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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
注释掉之后,关掉当前命令行窗口,新打开一个,再试。或者重启一下。

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喵星人

发表于 5 天前 | 显示全部楼层
重新进入终端,注释掉了之后重新进入终端才有效

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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
你可以选择新建个用户分别使用vasp和orca,修改配置文件需要重启终端或者使用命令source ~/.bashrc使之生效;root用户应该是修改/etc/profile。

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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
root也修改~/.bashrc即可。我个人不建议动全局的/etc/profile
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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
以全局且精默方式同时激活好几种功能一样的某某程序,
是一种无法原谅的愚蠢。
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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
其实不需要在~/.bashrc里面换来换去,比如你~/.bashrc里面设置的是Intelmpi,但是你在进行orca计算的时候需要使用openmpi,只需要在提交orca任务的脚本里面设置好openmpi的$PATH和$LD_LIBRARY_PATH即可,这样orca运行就会使用openmpi,而不是默认的intelmpi,如下所示:
***********************************************************************
#!/bin/bash
export PATH=/PARA/pp775/WY/openmpi/openmpi_2.02-gcc/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/PARA/pp775/WY/openmpi/openmpi_2.02-gcc/lib:/PARA/pp775/WY/work/soft/orca:$LD_LIBRARY_PATH
/PARA/pp775/WY/work/soft/orca/orca casscf.inp > out-casscf-7-nevpt2
***********************************************************************

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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
Novice 发表于 2020-9-15 14:18
注释掉之后,关掉当前命令行窗口,新打开一个,再试。或者重启一下。

谢谢,最后发现是/etc/profile里的没改

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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-9-15 14:18
重新进入终端,注释掉了之后重新进入终端才有效

谢谢,最后发现是/etc/profile没改

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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-15 14:42
root也修改~/.bashrc即可。我个人不建议动全局的/etc/profile

谢谢社长,卖服务器在/etc/profile也写了,我注释掉了,同时也修改了root的环境变量,就可以了

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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
abin 发表于 2020-9-15 14:57
以全局且精默方式同时激活好几种功能一样的某某程序,
是一种无法原谅的愚蠢。

哈哈,linux功底不行,向您学习

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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
yurainingak 发表于 2020-9-15 15:32
其实不需要在~/.bashrc里面换来换去,比如你~/.bashrc里面设置的是Intelmpi,但是你在进行orca计算的时候需 ...

是的,用排队系统,直接写到pbs里面,目前运行没有问题。
之前是卖机器的在/etc/profile也写了Intelmpi的路径,我没有注释掉

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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
Tinker 发表于 2020-9-15 15:41
是的,用排队系统,直接写到pbs里面,目前运行没有问题。
之前是卖机器的在/etc/profile也写了Intelmpi ...

就算没有队列调度,这样可以一个ID下面使用多种不同版本的程序。
在~/.bashrc中留空,不写多余设定,仅仅保留系统默认的。

AAA.sh
里面写 AAA所依赖的MPI和编译器,数学库等版本
然后
mpirun -np AAA.xxx > fadfadf.log

最后 bash aaa.sh &

BBB.sh
里面写BBB所需要的东西。
以及BBB运行指令。
而后 bash BBB.sh &

这有什么难的啊?

玩的高级一点,可以用module来加载环境依赖。
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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
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