求助：牵引力设置绝对参考时报错-除开牵引组其它部分没有绝对参考

pubertystory · 发表于 Post on 2020-9-16 22:08:31

本帖最后由 pubertystory 于 2020-9-17 18:23 编辑

我的体系是在一个5*5*12的盒子里竖直放置一个25个碱基对的DNA分子，现在想对两端（第2个碱基对，第24个碱基对）各施加一个简谐势，使得两端基本能在（2.5，2.5，11.5）和（2.5，2.5，0.5）的两个参考点坐标附近移动，分子基本保持于盒子中心竖直的状态。

我的mdp文件里pull设置如下：
pull-nstxout          = 25000
pull-nstfout          = 25000
pull                   = yes
pull-ngroups          = 2
pull_ncoords          = 2
pull_group1_name       = bp2
pull_group2_name       = bp24
pull_coord1_groups    = 0 1
pull_coord1_origin    = 2.5 2.5 11.5
pull_coord1_dim       = Y Y Y
pull_coord1_k          = 0.3
pull_coord2_groups    = 0 2
pull_coord2_origin    = 2.5 2.5 0.5
pull_coord2_dim       = Y Y Y
pull_coord2_k          = 0.3

但是grompp给出warning：
WARNING 1 [file md.mdp]:
  You are using an absolute reference for pulling, but the rest of the
  system does not have an absolute reference. This will lead to artifacts.

请问是mdp的pull选项哪里设置有问题，或是我的体系有错误吗？

附件是gro构象、mdp和index文件（水分子因为太大上传不了没有放上去），谢谢各位大佬！

dna.gro (106.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

md.mdp (2.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

index.ndx (16.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

pubertystory · 发表于 Post on 2020-9-16 22:13:30

本帖最后由 pubertystory 于 2020-9-17 18:29 编辑

原帖已修改，请管理员删除此楼

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-17 07:45:33

仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图。
图片没发出来不要发新帖补充，而是应当编辑原帖

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[GROMACS] 求助：牵引力设置绝对参考时报错-除开牵引组其它部分没有绝对参考

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