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[Multiwfn使用咨询] 弱相互作用的讨论

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看到Sobereva《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》的帖子,受到启发,想要讨论phenol的O-H键与Si-H的双氢键(图一)的作用,做了图2,之后不知怎样分析,请大侠指正。1. 坐标轴和颜色所代表的含义 2. Si-H...H-O键作用怎样讨论,另外C-H与苯环有没有弱相互作用。谢谢!

geometric structure of dimer.gif (38.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 122)

分子构型

分子构型

2.PNG (169.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 113)

等值线图

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发表于 Post on 2015-10-22 22:17:09 | 只看该作者 Only view this author
这种图没什么用,应该作sigma(lambda2)rho填色的RDG等值面图,见手册4.100.1节或者
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

其余可用的研究方法见
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-23 20:05:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-22 22:17
这种图没什么用,应该作sigma(lambda2)rho填色的RDG等值面图,见手册4.100.1节或者
使用Multiwfn图形化研 ...

谢谢Sobereva的回复,学习中,

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-23 21:01:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HERO 于 2015-10-23 21:03 编辑
HERO 发表于 2015-10-23 20:05
谢谢Sobereva的回复,学习中,

sovereva,您好:按照说明做了图F:/SI-H/VMD.jpg,这个是不是说明SI-H...H-O之间和C-H与苯环的虚原子之间的弱相互作用? 这个该怎样具体描述?  颜色不是蓝色,是不是意味着作用比较弱? 谢谢!

VMD.jpg (76.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 96)

VMD

VMD

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发表于 Post on 2015-10-23 21:25:19 | 只看该作者 Only view this author
HERO 发表于 2015-10-23 21:01
sovereva,您好:按照说明做了图,这个是不是说明SI-H...H-O之间和C-H与苯环的虚原子之间的弱相互作用?  ...

双氢键有作用 分子力级别  另外一个看不出来  这图做的也太丑了!估计中心和坐标间距没有选好!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-23 21:33:48 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2015-10-23 21:25
双氢键有作用 分子力级别  另外一个看不出来  这图做的也太丑了!估计中心和坐标间距没有选好!

谢谢lao7,图是按照说明一步步来的,没有做调整,用chemcraft画的,中心和坐标间距怎样调整? 苯环中间的绿色代表啥意思? 谢谢!

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发表于 Post on 2015-10-23 22:21:00 | 只看该作者 Only view this author
别用chemcraft啊,又丑又收费,要用VMD来画,手册里和博文里都说明了方法,multiwfn算完格点数据,执行个脚本就画出来了。当前这个图很难观察。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-24 10:23:49 | 只看该作者 Only view this author
Sob,您好:谢谢您的回复。按照手册的操作步骤做了基态和第一激发态的图,比较后发现:1. SI-H...H-O之间没啥变化,而C-H与苯环中心的作用出现了绿色饼状图,是不是意味着在C-H与苯环中心在激发后出现了弱相互作用? 2. 图形导出后发现分辨效果不好,怎样给调整的更加好看些。3. 有没有量化的指标更够分析SI-H...H-O在激发前后强度的变化。谢谢!

基态.gif (24.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 98)

基态图

基态图

第一激发态.gif (52.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 95)

第一激发态图

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发表于 Post on 2015-10-25 02:11:32 | 只看该作者 Only view this author
你是考察电子激发对弱相互作用的影响?基态和激发态是分别优化的么?考察激发态时是用的激发态密度么?
图片应当用png或jpg格式,不要用gif,因为gif格式色彩最多只有256,图片的色阶太严重,不好考察。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-25 08:47:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HERO 于 2015-10-25 08:50 编辑
sobereva 发表于 2015-10-25 02:11
你是考察电子激发对弱相互作用的影响?基态和激发态是分别优化的么?考察激发态时是用的激发态密度么?
图 ...

谢谢sob的回复。1. 主要讨论的是激发前后弱相互作用的变化,即电子激发对弱相互作用(主要是氢键)的影响及动力学行为 2. 基态和激发态是分别优化的,激发态建立在基态优化构型的基础上 3. 考察激发态时主要是键长等结构变化,红外光谱、分子轨道分析等。激发态密度没有讨论过? 这个概念怎样定义?想要做激发前后分子内或分子间电荷转移的形象描述,目前没有很好的方法,区域内Mulliken charge变化显得不够有说服力。图片已经保存为jpg或png格式,还请sob给指点下。本身是学化学的,对这些内容看起来有些吃力,还好有sob的手册指导,操作简捷明了,谢谢!

基态1.PNG (46.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 107)

基态-1

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基态2.jpg (243.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 93)

基态2

基态2

第一激发态1.PNG (47.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 111)

激发态1

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第一激发态2.jpg (259 KB, 下载次数 Times of downloads: 97)

激发态2

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发表于 Post on 2015-10-25 10:35:14 | 只看该作者 Only view this author
用Multiwfn考察激发前后电荷转移的密度差图(手册4.18.3节)、用Multiwfn做电子-空穴分析(见手册4.18.1节)。原子电荷也行,但Mulliken这种比较烂的布居方法尽量别用,可以用Hirshfeld、NPA、ADCH。

对激发态做RDG分析,一方面是先优化激发态,另一方面要用TD(root=x) density out=wfn或wfx,以把第x激发态的自然轨道写入wfn/wfx文件中,这样分析的才是激发态的密度。否则不写denisty的话程序可能只是将基态密度写入wfn/wfx文件中,这样结果就不太合理了。

从图上看,激发态下分子间弱相互作用程度增加了,等值面面积加大。从spike上看,负值部分的spike一定程度上往更负方向移动,故也有强度增强趋势。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-25 11:03:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HERO 于 2015-10-25 11:05 编辑
sobereva 发表于 2015-10-25 10:35
用Multiwfn考察激发前后电荷转移的密度差图(手册4.18.3节)、用Multiwfn做电子-空穴分析(见手册4.18.1节 ...

万分谢谢sob的回复,有种豁然开朗的感觉,有问题再想您请教。呵呵  紧张学习中。。。

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发表于 Post on 2015-10-25 12:05:15 | 只看该作者 Only view this author
H..O之间,H..H,和H..C-OH之间的弱引力. 可以看看我第一次做的图,现在看还有待提高,但还是比你做的好些,毕竟你这个体系很简单!
https://www.researchgate.net/pub ... tic_Resistant_Genes

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-25 15:12:59 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2015-10-25 12:05
H..O之间,H..H,和H..C-OH之间的弱引力. 可以看看我第一次做的图,现在看还有待提高,但还是比你做的好些 ...

谢谢lao7,比我做的好太多了。 文献已下载,正在哇哇学习中。

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发表于 Post on 2019-5-18 16:37:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-22 22:17
这种图没什么用,应该作sigma(lambda2)rho填色的RDG等值面图,见手册4.100.1节或者
使用Multiwfn图形化研 ...

老师,一般方法都是计算两个分子间的相互作用,我想请问一下,如何计算单分子的分子内两个原子间的相互作用呢,谢谢老师

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