求助为何gromacs计算的MSD线出现转折以及扩散常数偏差太大？

背影里的微笑 · 发表于 Post on 2020-10-3 14:16:18

本帖最后由背影里的微笑于 2020-10-3 14:19 编辑

小弟想计算一下重油分子在超临界水中的扩散常数（体系中只有一个油分子，其余都是水分子），但发现在拟合好的MSD并非是一条斜线，而是发生了弯曲，并且扩散常数的偏差也特别大，请教各位大佬，我是不是有哪些地方算错了或没考虑到？体系先是在npt中模拟达到平衡后，在nvt中模拟了10ns，计算的步长是0.001ps，500步输出一次坐标信息。具体MSD数据与mdp文件可以看下面的附件。

bobosiji · 发表于 Post on 2020-10-7 09:48:33

本帖最后由 bobosiji 于 2021-1-9 21:42 编辑

就你展示的msd plot而言，拟合3000-7000ps的数据求D应该是可以的。
不过你的系统只有一个重油分子，得多跑（比如10+次；或者跑很长时间比如几百ns）模拟求
D的平均值才比较可信。
另外“扩散常数的偏差也特别大”是啥意思？

背影里的微笑 · 发表于 Post on 2021-1-9 18:52:39

bobosiji 发表于 2020-10-7 09:48
就你展示的msd plot而言，拟合0-7000ps的数据求D应该是可以的。
不过你的系统只有一个重油分子，得多跑（ ...

多谢解答

，我说的扩散常数偏差是指D[ SA1] = 83.6452 (+/- 22.9934) (1e-5 cm^2/s)括号中的正负偏差

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-16 08:19:16

背影里的微笑发表于 2021-1-9 18:52
多谢解答，我说的扩散常数偏差是指D[ SA1] = 83.6452 (+/- 22.9934) (1e-5 cm^2/s)括号中的正 ...

误差太大。
你让gmx msd只针对msd的2000~7000 ps比较平直的那段拟合就不会有那么大误差

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