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[GROMACS] 模拟n-dodecane液膜的蒸发质心移除失败

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Level 1 能力者

各位老师
我用gromacs仿真 n-dodecane 液膜的蒸发, 初始时将液膜置于盒子中心, 之后用nvt系综在590K跑了10ns.并且设置了质心移除,
comm_mode             = System         
nstcomm                 = 1                     
comm_grps               = System   

蒸发过程中液膜会先膨胀后逐渐变薄是合理的。但是整过程液膜和体系的质心却在Z方向不停的移动。我截取了0ns和3ns的截图。有谁知道什么原因吗?感谢. 我想让体系的质心始终居中。




3ns.JPG (272.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

3ns.JPG

0ns.JPG (105.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

0ns.JPG

3ns.JPG (272.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

3ns.JPG

0ns.JPG (105.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

0ns.JPG

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2#
发表于 Post on 2020-10-15 06:40:19 | 只看该作者 Only view this author
根本没有这种写法comm_mode             = System
应当写linear
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