进行完真空的动力学模拟后，为什么聚合物链沿轴的方向发生改变？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-15 17:13:18

努力向上的boy 发表于 2020-10-15 15:34
谢谢，那我要是在nvt下进行，模拟真空，mdp怎么设置呢？这个就不能很好的控制压力了吧

取决于你想模拟真空中的体相聚合物还是真空中孤零零漂浮着的一条聚合物链

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-10-15 18:59:45

wzkchem5 发表于 2020-10-15 17:13
取决于你想模拟真空中的体相聚合物还是真空中孤零零漂浮着的一条聚合物链

我的是几条链，我想描述他们在这种条件下的构型

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-10-15 19:04:33

k64_cc 发表于 2020-10-15 16:51
都真空了哪还有压力问题……你好好想想压力和真空是不是有点矛盾
NPT下面就是聚合物体系呗，你想描述啥 ...

我可以理解为nvt下的单纯的聚合物模拟就是真空模拟吗？npt下的只有聚合物的模拟，是在一定条件下的纯聚合物的模拟？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-15 21:17:13

努力向上的boy 发表于 2020-10-15 18:59
我的是几条链，我想描述他们在这种条件下的构型

我主要想问你的聚合物链在垂直于链长的方向上是密集堆积的还是有显著的空隙的（比如链间距离大于5埃）。这两种情况完全不一样。
另外你有没有用周期性边界条件？

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-10-16 10:00:21

wzkchem5 发表于 2020-10-15 21:17
我主要想问你的聚合物链在垂直于链长的方向上是密集堆积的还是有显著的空隙的（比如链间距离大于5埃）。 ...

有空隙的，有周期性边界条件

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