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[新手求助] 我刚接触oniom,求助有关oniom的一些问题

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楼主
用oniom计算多个离子液体,内层放两个,中层放两个,外层放两个,输入文件是:
%nprocshared=16
%mem=100MW
#p opt=(calcfc,quadmac,maxcycle=1000,noeigentest) freq(noraman) oniom(b3lyp/6-31g:pm6:uff)=embedcharge
不知道这样写输入文件对不对,oniom计算总是103错误,有没有方法可以这个问题

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发表于 Post on 2015-10-28 17:52:57 | 只看该作者 Only view this author
最好直接把输入输出文件作为附件发上来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-6 18:49:46 | 只看该作者 Only view this author
@soberera   这是我的输入文件,麻烦老师看一下

HMimBr-oniom-ts1-10-2.gjf

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发表于 Post on 2015-11-6 19:29:37 | 只看该作者 Only view this author
ONIOM能不用就不用,这种分层很不好。UFF实际上根本就表现不出来低层分子起到的效果,更何况你还没给原子设原子电荷,等于完全没起到效果。noeigentest是多余的。noraman也是多余的,本来默认就不计算。

这种体系ONIOM会给计算带来不小误差,当前体系没多大,还不如直接都量化算呢。或者低层用PM6也比用UFF强得多。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-7 12:12:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-6 19:29
ONIOM能不用就不用,这种分层很不好。UFF实际上根本就表现不出来低层分子起到的效果,更何况你还没给原子设 ...

谢谢老师的指导,我们以前也是用量化计算,现在老师让摸索oniom,要是分三层的话,那中间层和低层该分别采取什么方法算比较好,计算出来的能量应该怎么看?

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发表于 Post on 2015-11-7 13:36:33 | 只看该作者 Only view this author
那年·时光飞 发表于 2015-11-7 12:12
谢谢老师的指导,我们以前也是用量化计算,现在老师让摸索oniom,要是分三层的话,那中间层和低层该分别 ...

这种体系不要分三层,两层足矣。分层本身也会引入误差、增大计算量。我总是强调不要把ONIOM想得太理想,没那么好的事。像你这样的体系,分层肯定是DFT结合PM6作为高低层,但这样低层对高层的电子效应的影响并不能很好表现。
所以真想省时的话,就用混合基组,把低级部分用小基组,这样处理比ONIOM好得多。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-7 15:00:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-7 13:36
这种体系不要分三层,两层足矣。分层本身也会引入误差、增大计算量。我总是强调不要把ONIOM想得太理想, ...

谢谢sob老师,老师,我要统计能量,算相对能量时过渡态的能量减去反应物的能量,过渡态我用的oniom方法计算的,那反应物用oniom应该怎么算?是跟过渡态一样得分层吗?

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发表于 Post on 2015-11-7 15:03:33 | 只看该作者 Only view this author
那年·时光飞 发表于 2015-11-7 15:00
谢谢sob老师,老师,我要统计能量,算相对能量时过渡态的能量减去反应物的能量,过渡态我用的oniom方法计 ...

是的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-7 15:15:03 | 只看该作者 Only view this author

老师,在过渡态中我把环氧化物和两分子离子液体放在高层,用b3lyp方法;一分子离子液体放在低层,用UFF方法,那我要是计算反应物环氧化物的能量时,要是再将环氧化物分层的话,那低层的肯定不是b3lyp方法了,这样计算出来的能量还能直接用来算相对能量吗?

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发表于 Post on 2015-11-7 15:29:04 | 只看该作者 Only view this author
那年·时光飞 发表于 2015-11-7 15:15
老师,在过渡态中我把环氧化物和两分子离子液体放在高层,用b3lyp方法;一分子离子液体放在低层,用UFF方 ...

单独计算环氧化物肯定不分层了,没法再分了,肯定是B3LYP直接计算。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-8 16:20:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-7 15:29
单独计算环氧化物肯定不分层了,没法再分了,肯定是B3LYP直接计算。

谢谢sob老师

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