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楼主 Author: lao7
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[新手求助] 如何进行大体系下的量化计算?

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发表于 Post on 2020-10-22 09:41:57 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2020-10-22 09:28
谢谢Sob.!请问关于第一个回答:根据您的经验,描述常规的CHON化合物(蛋白质体系)时, 什么力场对色散 ...

1 大部分描述有机物的力场都有专门描述色散的项,Amber力场,OPLS力场等等,对于生物分子的描述都不差

2 没有,而且截取不同的片段计算结果可能有定性差异

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发表于 Post on 2020-10-22 13:10:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-22 04:25
“似乎很难描述色散作用和计算结合常数”这是不对的。普通分子力场能合理描述色散作用,本身LJ势里就有专门 ...

但那样的话,不同位点的结合能力不好相互比较吧,因为QM区不一样,相当于是理论级别不统一
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-22 14:39:23 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-10-22 09:41
1 大部分描述有机物的力场都有专门描述色散的项,Amber力场,OPLS力场等等,对于生物分子的描述都不差

...

谢谢,这个描述色散的项是自动的吗?还是需要额外添加命令。例如Gromacs里面的AMBER99SB 谢谢回复!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-22 14:40:30 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-22 13:10
但那样的话,不同位点的结合能力不好相互比较吧,因为QM区不一样,相当于是理论级别不统一

是的!问题就在这里。即使设置相同。一个大蛋白质分子和上百个小分子相互作用。初始构型都够头疼的。看来分子动力学绕不开了。

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发表于 Post on 2020-10-22 16:54:47 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2020-10-22 14:40
是的!问题就在这里。即使设置相同。一个大蛋白质分子和上百个小分子相互作用。初始构型都够头疼的。看来 ...

我觉得只能是每个位点都用两个不同大小的QM区做计算,通过两个QM区的结果一致,来说明把其他部分近似用MM处理引入的误差可以忽略
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-22 17:21:52 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-22 16:54
我觉得只能是每个位点都用两个不同大小的QM区做计算,通过两个QM区的结果一致,来说明把其他部分近似用MM ...

我现在比较倾向于Sob的观点。先用分子动力学描述,然后再分割以簇的形式分别计算各个附近位点。你的观点也是正确的。即QM/MM,但是这无法预测多位点情况。

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发表于 Post on 2020-10-23 18:15:27 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2020-10-22 17:21
我现在比较倾向于Sob的观点。先用分子动力学描述,然后再分割以簇的形式分别计算各个附近位点。你的观点 ...

我说的就是分割成簇,每个位点都选两个不同大小的簇,分别计算,如果计算结果差不多,就说明簇选得足够大。对于单位点的计算常常不需要这么严格,因为簇即使比较小,误差也是系统误差,比较相对值时可以互相抵消,但是多位点互相比较的话,选取簇造成的误差不能抵消,所以必须证明簇模型的结果相对于簇大小收敛
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-23 18:56:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-23 18:15
我说的就是分割成簇,每个位点都选两个不同大小的簇,分别计算,如果计算结果差不多,就说明簇选得足够大 ...

谢谢回复,受益匪浅。就按此途径解决。

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发表于 Post on 2020-10-24 10:01:09 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2020-10-22 09:28
谢谢Sob.!请问关于第一个回答:根据您的经验,描述常规的CHON化合物(蛋白质体系)时, 什么力场对色散 ...

主流蛋白质力场都半斤八两,比如Amber+GAFF、CHARMM+CGenFF等都可以
一般来说把最接近的一圈残基都算进去就行了,比如



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