求助：离子周围溶剂化壳层结构的统计方法

jimulation

前提：已经模拟了不同锂盐浓度的电解质溶液，其中，Li+既可以和溶剂A中的氧配位，也可以和溶剂B中的氧配位。

目标：想要统计不同锂盐浓度下，Li+周围溶剂化壳层结构的差异。具体来说，想要弄清楚Li+周围的这种溶剂化壳层结构一共有多少种，最常见的结构是哪些，占比是多少。比如，Li+四配位的情况中，可以是2个A中的O和2个B中的O，也可以是4个A中的O，还可以是4个B中的O......

问题：采用gmx select指令，通过一些语句(如name O and within 0.3 of resid 1)可以选出在某一帧时刻某个Li+周围的溶剂化壳层结构。还有两个问题有待解决，如下：
1.为了统计所有Li+周围的溶剂化结构，需循环执行gmx select指令。假设有100个Li+，resid从1~100，上面的语句只需替换resid后面的数字即可，这个应当如何实现？写脚本的话，有没有类似的例子可以借鉴着改一改。
2.进一步地，怎么样统计多帧的情况？比如统计轨迹的最后100帧，从而扩大样本量，减小统计误差。



求助大家，谢谢

liuyuje714

1. shell语句循环，比如：
for i in {1..100}; do
gmx select -f -s -select ' xxxx of resid '$i' '
done
注意选择语句这里最外层用单引号时内部如需引用变量，也需要加单引号
2.gmx select输出的结果中已经包括了每一帧的数据了

jimulation

liuyuje714 发表于 2020-10-21 23:29
1. shell语句循环，比如：
for i in {1..100}; do
gmx select -f -s -select ' xxxx of resid '$i' '

非常感谢！ 我尝试一下

XtF

你好，我看到你模拟了不同锂盐浓度的电解质溶液，请问你是怎么配置的？我也需要模拟锂盐溶液，想配置溴化锂和水的摩尔比为1:3的盐溶液，但是在使用genion替换水分子时报错，提示无更多分子可用来替换,想请教你一下这个问题.

jimulation

XtF 发表于 2020-11-18 17:06
你好，我看到你模拟了不同锂盐浓度的电解质溶液，请问你是怎么配置的？我也需要模拟锂盐溶液，想配置溴化锂 ...

用packmol构建模拟体系，方便快捷。http://sobereva.com/473