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[GROMACS] 编译Gromacs-Colvars进行自由能计算

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发表于 2020-10-22 12:57:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 fhh2626 于 2020-10-22 14:11 编辑

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Colvars是非常流行的自由能计算插件,里面实现了大量的自由能计算方法(比如US,eABF,MtD,SMD等),与竞争对手Plumed相比,Colvars在实现上跟MD软件结合更紧密,运行效率更高,使用也方便一些,而Plumed则对不同的MD软件兼容性更高,更容易在里面实现新的算法

以往gmx只能跟Plumed结合使用,最近(发帖当天)Colvars也支持gmx了,下面是编译的简单步骤

首先下载gmx和Colvars,发帖时最新版本为2020.4,Colvars下master branch就行:
http://manual.gromacs.org/documentation/2020.4/download.html
https://github.com/Colvars/colvars

然后上传到服务器上,解压
unzip colvars-master.zip
tar xvf gromacs-2020.4.tar.gz

用Colvars patch gmx:
sh ./colvars-master/update-colvars-code.sh ./gromacs-2020.4

编译gmx:
cd gromacs-2020.4
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=xxx
make -j12
make install

source xxxxxxx/GMXRC

在gmx中调用Colvars:
在运行gmx的命令后面跟上-colvars xxxx.dat,其中xxxxx.dat是Colvars输入文件
例如:
gmx mdrun -v  -ntmpi 1 -ntomp 2 -gpu_id 0 -deffnm step5 -colvars colvars.dat
或者跟上-colvars xxxx.dat -colvars_restart test.colvars.state.dat

Colvars输入文件的简单介绍见:
http://bbs.keinsci.com/thread-10805-1-1.html
在gmx中使用时,需要在开头加上:
units gromacs

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Daniel_Arndt + 5 以前只能用SSAGES配合gromacs做MW-ABF,现.
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zsu007 + 5 谢谢分享
liuyuje714 + 3 谢谢
ene + 5

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发表于 2020-10-31 14:48:20 | 显示全部楼层
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