编译Gromacs-Colvars进行自由能计算

CrysW555 · 发表于 Post on 2022-1-11 15:15:51

老师您好，请问用gromacs+colvars 能否进行eabf，meta-eabf，WTM-eabf等自由能计算，如果能的话在制备输入文件和模拟时有什么注意事项？是否能直接将您文章中SI的脚本直接加gromacs units 再根据自己体系修改后直接使用？

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-1-11 18:46:14

CrysW555 发表于 2022-1-11 15:15
老师您好，请问用gromacs+colvars 能否进行eabf，meta-eabf，WTM-eabf等自由能计算，如果能的话在制备输入 ...

可以，没什么特别的注意事项

可以参考这些文件
https://github.com/fhh2626/ABF-example-files-for-NAMD-and-OpenMM

CrysW555 · 发表于 Post on 2022-1-11 20:06:08

fhh2626 发表于 2022-1-11 18:46
可以，没什么特别的注意事项

可以参考这些文件

好的，谢谢您

luckylu · 发表于 Post on 2022-11-25 08:34:59

gmx -colvars之后GPU利用率不到10%，计算效率一言难尽，请问这个有没有办法解决呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-11-25 18:12:38

luckylu 发表于 2022-11-25 08:34
gmx -colvars之后GPU利用率不到10%，计算效率一言难尽，请问这个有没有办法解决呢？

是这样的。。。用Plumed也差不多，因为Colvars/Plumed是CPU代码，GMX在GPU上的数据和CPU交互效率比较低

可以考虑用timestepfactor 2（或者更大，取决于你的任务）降低交换频率，会有一定的效果

luckylu · 发表于 Post on 2022-12-10 22:20:44

fhh2626 发表于 2022-11-25 18:12
是这样的。。。用Plumed也差不多，因为Colvars/Plumed是CPU代码，GMX在GPU上的数据和CPU交互效率比较低
...

好的，谢谢您的回答

Chris——szk · 发表于 Post on 2023-7-18 14:27:35

fu老师您好，能否问一下您我使用gromacs+colvars进行meta-eabf自由能计算的时候我发现输出的metaeabf.abf1.czar.pmf文件中的第三列数据都是为0，可以问一下老师是什么原因吗：

colvars的输入文件如下：

units gromacs

colvarsTrajFrequency 20000
colvarsRestartFrequency 500000

colvar {
name psi
width 1
lowerboundary 30
upperboundary 90
expandboundaries on
subtractAppliedForce on
extendedlagrangian on
extendedFluctuation  1
extendedTimeConstant 200

angle {
   oneSiteTotalForce
   group1 {
      atomnumbers { 7494 7513 7532 7549 7568 7575 7592 }
   }
   group2 {
      atomnumbers { 7480 }
   }
   group3 {
      atomnumbers { 1757 }
   }

}
}

#7494

colvar {
name d
width 1
lowerboundary 6
upperboundary 18
expandboundaries on
subtractAppliedForce on
extendedlagrangian on
extendedFluctuation  1
extendedTimeConstant 200

distance {
   group1 {
      atomnumbers { 6905 }
   }
   group2 {
      atomnumbers { 308 }
   }

}
}

harmonicWalls {
  name walls1
  colvars psi
  lowerWalls 30 30
  upperWalls 90 90
  forceConstant 1.0
}

harmonicWalls {
  name walls2
  colvars d
  lowerWalls 7 7
  upperWalls 17 17
  forceConstant 1.0
}

abf {
colvars d psi
fullSamples 1000
# hideJacobian
historyfreq  500000
writeCZARwindowFile on
CZARestimator on
}

metadynamics {
  colvars d psi
  hillwidth  2
  hillweight  0.1
  welltempered on
  biastemperature  4000
}

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-7-18 16:56:31

Chris——szk 发表于 2023-7-18 14:27
fu老师您好，能否问一下您我使用gromacs+colvars进行meta-eabf自由能计算的时候我发现输出的metaeabf.abf1. ...

还没有跑满fullsamples吧

另外你这个harmonicWalls应该这么定义

harmonicWalls {
  name walls
  colvars psi d
  lowerWalls 30 7
  upperWalls 90 17
  forceConstant 1.0
}

或者就别用harmonic walls，直接用reflecting boundaries

Chris——szk · 发表于 Post on 2023-7-18 17:07:50

fhh2626 发表于 2023-7-18 16:56
还没有跑满fullsamples吧

另外你这个harmonicWalls应该这么定义

好的好的，非常谢谢老师我回去试试！

kokiw · 发表于 Post on 2024-7-9 09:51:25

请问下老师跑回旋半径的colvars的话，要怎么设置啊？我参照手册里但是没看到除了atoms外的关键词，我之前是这么设置的，但是感觉跑出来的轨迹的rg值对不上。

colvar { # Define a new variable
  name rg1 # Must give a name to this variable
         # width 0.2 # Estimated fluctuation amplitude and/or grid resolution, "w_d"
  gyration { # This variable is a distance between centers of mass (COMs)
atoms { atomNumbers 521 822 844 916 950 1055 1079 2225 2530 2552 2611 2645 2753 2777 3812 4117 4139 4211 4245 4350 4374 5555 5872 5894 5966 6000 6105 6129 } # List the atoms of the 1st group
  }
}

harmonic { # Define a harmonic potential, 1/2*K*(d-d0)^2/w_d^2
  colvars rg1 # Apply it to the variable "d"
  centers 1.7 # The center of the potential, "d0"
  forceConstant 956.0 # Force constant, "K"
}

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-7-9 10:07:22

kokiw 发表于 2024-7-9 09:51
请问下老师跑回旋半径的colvars的话，要怎么设置啊？我参照手册里但是没看到除了atoms外的关键词，我之前 ...

看起来问题不大，你可以看看.colvars.traj文件，看看输出的rg值是多少

kokiw · 发表于 Post on 2024-7-9 10:57:10

fhh2626 发表于 2024-7-9 10:07
看起来问题不大，你可以看看.colvars.traj文件，看看输出的rg值是多少

老师，我的rg输出值都在1.6±0.04附近，不超过1.7，所以我不太确定这样正不正常？之前用NAMD跑的话感觉rg在17埃附近分布得比gromacs的这个更开一点，不知道gromacs里用colvars的话我需要再加大rg的设置值吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-7-10 11:35:13

kokiw 发表于 2024-7-9 10:57
老师，我的rg输出值都在1.6±0.04附近，不超过1.7，所以我不太确定这样正不正常？之前用NAMD跑的话感觉rg ...

应该不是rg值的问题，是两次模拟约束力常数不太一样，注意单位换算

neocc · 发表于 Post on 2024-10-7 22:53:19

请问范老师，需要用什么增强采样方法来研究溶剂溶解破坏高分子链之间氢键网络的过程呢，WTM-eABF或者meta-ABF可以吗？
还有氢键网络里面形成氢键的原子对很多，溶剂分子出现在高分子链的周围也不是一直固定的，相应的CV应该怎么写呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-10-7 23:00:36

neocc 发表于 2024-10-7 22:53
请问范老师，需要用什么增强采样方法来研究溶剂溶解破坏高分子链之间氢键网络的过程呢，WTM-eABF或者meta-A ...

这个问题非常难，如果不是100%理解这个问题的话，建议不要做

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