VMD计算sasa的脚本分享（1-8 更新gmx方法）

kunkun

由于Gmx 5.0  g_sas已经不区分疏水和亲水表面积区分计算了..
经过一些搜索，修改整合了一个小脚本。分享给大家
在VMD读取轨迹后，直接在tk中黏贴复制即可。疏水面积和亲水面积记录在sasa.dat中。

#VMD for 2h-sasa
set protein [atomselect top "protein"]
set phob [atomselect top "hydrophobic"]
set phil [atomselect top "not hydrophobic"]
set n [molinfo top get numframes]
set myfile [open sasa.dat  w ]
puts $myfile hydrophobic
for { set i 0 } { $i < $n } { incr i } {  
  $protein frame $i  
  $protein update  
  set myphob [measure sasa 1.4 $protein -restrict $phob]   
  puts $myfile $myphob
}
puts $myfile ——————————————————————————————————————————————————————————————————
puts $myfile hydrophil
for { set i 0 } { $i < $n } { incr i } {  
  $protein frame $i  
  $protein update  
  set myphil [measure sasa 1.4 $protein -restrict $phil]   
  puts $myfile $myphil
}
close $myfile
cp /Users/kunkun/sasa.dat /Users/kunkun/Desktop





2015-1-8更新；
基于GMX的sasa分析方法：
1 使用gmx select或make_ndx 做出你要计算的氨基酸的ndx文件
2 只要在gmx sasa 后加入-surface +整体组 和 -output 重点研究部分组。

即可从整个蛋白（或其他）的总sasa计算中提取出你需要的sasa
如果不加-surface 和 -output 计算出来的sasa是不考虑整体状态下的数值，产生偏差。
ps：output的数据在输出xvg文件的第三列。用txt打开看即可。
编辑整理数据推荐使用ultraedit。

Eming

这样计算是不对的

kunkun

Eming 发表于 2015-11-1 17:11
这样计算是不对的

...请问下为什么?那我应该怎么修改呢？