求助：MS转data文件警告以及lammps运行报错

Maska · 发表于 Post on 2022-8-17 18:10:13

本帖最后由 Maska 于 2022-8-17 18:20 编辑

Hello dear
I got the same warning too. Have you finally solved this problem? If yes, could you please guide me? I have gotten the same warning when trying to get the C-S-H data file by applying the clayff potential in Materials Studio.
Best regards;
Maska

supreme · 发表于 Post on 2022-11-4 23:51:59

爱模拟的bao 发表于 2021-3-15 10:01
我也遇到了这个问题，想问下你这解决了吗？

你解决了吗

duludulueiei · 发表于 Post on 2023-1-5 22:42:54

Lacrimosa 发表于 2020-10-27 18:30
可能是在生成data文件的时候缺少了相关的参数，可以查看一下相应的原子成键参数在in文件里是否存在。例如报 ...

如果不存在的话怎么办啊

456321789 · 发表于 Post on 2023-7-5 15:47:07

请问你这个是怎么解决的，我也遇见这个问题了。
WARNING inconsistent # of connects on atom 28 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 68 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 107 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 146 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 186 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 225 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 265 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 304 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 343 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 383 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 422 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 462 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 501 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 540 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 580 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 619 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 659 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 698 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 737 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 777 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 816 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 856 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 895 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 934 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 974 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 1013 type o

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-7-6 09:08:30

456321789 发表于 2023-7-5 15:47
请问你这个是怎么解决的，我也遇见这个问题了。
WARNING inconsistent # of connects on atom 28 type o
...

用AuToFF代替msi2lmp

456321789 · 发表于 Post on 2023-7-6 20:20:51

slxc920113 发表于 2023-7-6 09:08
用AuToFF代替msi2lmp

这个软件是不是不能做那种三维的盒子啊？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-7-7 11:08:46

456321789 发表于 2023-7-6 20:20
这个软件是不是不能做那种三维的盒子啊？

可以，在晶体模块上传cif

456321789 · 发表于 Post on 2023-7-7 15:44:12

slxc920113 发表于 2023-7-7 11:08
可以，在晶体模块上传cif

谢谢大神，我明白了。
还有一个问题，我是用聚合物建模模块建立的聚酰亚胺单链，可以保存为cif格式，然后再用晶体模块建立多条聚合物的三维盒子吗？
我上传之后打不开文件，不知道接下来要怎么弄了。

456321789 · 发表于 Post on 2023-7-7 15:47:34

就是这样的，autoff不显示模型。我打算做个三维的。

456321789 · 发表于 Post on 2023-7-7 16:32:10

slxc920113 发表于 2023-7-7 11:08
可以，在晶体模块上传cif

提示说没有选中的cif文件

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-7-7 16:33:15

456321789 发表于 2023-7-7 15:47
就是这样的，autoff不显示模型。我打算做个三维的。

可能是原子数超了，或者就是cif书写不规范，导致无法识别（用VESTA打开cif保存为vasp格式即可）

456321789 · 发表于 Post on 2023-7-7 17:54:39

slxc920113 发表于 2023-7-7 16:33
可能是原子数超了，或者就是cif书写不规范，导致无法识别（用VESTA打开cif保存为vasp格式即可）

好的好的我试一下感谢

MengXH7 · 发表于 Post on 2023-10-21 09:32:51

ohlalaoh 发表于 2022-4-27 19:51
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您好，请问这个问题您解决了吗？

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[Lammps] 求助：MS转data文件警告以及lammps运行报错

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