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[Amber] 求助:amber做rmsf用什么脚本呀?

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蛋白跑完MD,想用amber 的cpptraj做个RMSF,请问有老师可以分享一下脚本吗?

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发表于 Post on 2020-10-28 09:01:03 | 只看该作者 Only view this author
手册里cpptraj搜rmsf都有现成的例子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-28 09:18:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-28 09:01
手册里cpptraj搜rmsf都有现成的例子

找了,但是感觉不太对呀,为什么我算的rmsf的值几百呢,请问正常值应该是多少呢?

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发表于 Post on 2024-4-15 11:27:25 | 只看该作者 Only view this author
hyr95 发表于 2020-10-28 09:18
找了,但是感觉不太对呀,为什么我算的rmsf的值几百呢,请问正常值应该是多少呢?

确实是这样  请问结局了吗

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发表于 Post on 2024-4-15 14:17:44 | 只看该作者 Only view this author
我知道啥原因了,amber自带的那个算rmsf的,不会自动叠合结构,导致算的数都异常,你把轨迹下载下来,用vmd叠合后,用相关脚本分析就正常了,亲测有效

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