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[Multiwfn资源与经验] Multiwfn快乐更新小助手 MUA 2.0 【 升级双系统合一 】

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发表于 2020-10-28 08:37:52 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 winnerwill 于 2020-11-1 17:27 编辑

“波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)如今已十分流行”,更重要的是,更新还极其频繁!
以往每次更新还是有点小烦的。所以为了偷懒,写了个小脚本,方便以后多次及时更新。



Multiwfn快乐更新小助手 MUA 2.0 升级【 Multiwfn Update Assistant All in One 】
==============适用于Multiwfn更新小助手 (Multiwfn Update Assistant)MUA for Linux & Windows All-in-One 2.0版本=========================
初次使用步骤:
1. 下载脚本
2. cd进入脚本所在目录,执行 bash ./MUA (只设置参数)或者 bash ./MUA -d1 -w (会下载最新版本)
3.  退出terminal重新登录或者直接 source  ~/.bashrc
更新完毕。

备注:
使用前,可选修改脚本中图1中所示偏好设置。主要是指定解压软件,默认的是unzip和7z。
不要求设置平台系统环境变量。不设则脚本会自行确定。
无需指定平台系统,系统默认会自行识别。
这些修改在同一台电脑上只需指定一次。也可以通过命令行参数来指定。
适用于Multiwfn的Linux版本和Windows版本升级。
Windows下只要有terminal(如MobaXterm,cmder等)能执行Linux命令即可。
特别说明:针对Windows下解压缩rar文件,其实不需要额外安装解压软件,Windows下正常能解压rar文件的程序如7-Zip就行,只要建立软连接到terminal就能直接使用。
以7-Zip(假设安装在C:\Program Files\7-Zip\)为例,在terminal执行以下命令,就可以在terminal和脚本中直接用7z指令了:
  1. ln -s "C:\Program Files\7-Zip\7z.exe" /usr/bin/7z
复制代码
然后就可以用 7z x <foo.rar>进行解压了。
(更新了脚本图2


After downloading the script, execute the following commands :
  1. >>Usage: cd  <path-to-MUA>
  2. >>Usage: bash ./MUA (Only default setting)或者 bash ./MUA -d1 -w (Update to the latest version of Multiwfn as well)
  3. >>Usage: source ~/.bashrc
复制代码
现在可以使用Alias 来说进行操作了。


日常用法说明:
>>Usage: mua [ options ]
>>Usage: options: [ -n nthreads | -s ompstacksize | -m  Multiwfnpath | -d dlname | -o ORCA_EXEDIR | -g GAUSS_EXEDIR | -r USERROOT | -S OperatingSystem | -Z UnZipCommand  | -M  | -l  | -U | -c | -w | -h ]

常用指令示例:
  1. mua                                #设置
  2. mua -h                          #显示帮助信息
  3. mua -c                          #检查最新版本
  4. mua -d1                         #更新最新版本
  5. mua -SL                         #指定Linux平台
  6. mua -SW                         #指定Windows平台
  7. mua -M                          #下载最新用户手册
  8. mua -U                          #清除.bashrc信息
  9. mua -L                          #列出在线资源
复制代码





后面是更新历史:
=======================================
发布 Multiwfn更新小助手 MUA 2.0版(Multiwfn Update Assistant)Linux & Windows in One 】 2020/10/31
在Linux版本上增加了支持Windows版Multiwfn的更新,只需要一个脚本就可以了。
对任意Multiwfn版本以及所有PDF文档的下载支持进行了完善。支持新旧版本的Multiwfn和用户手册的下载。默认为最新版本下载。
通过-d选项下载程序文件及文档。
增加了-l选项,列出可下载的在线资源。
增加了-M选项,下载最新版本的用户手册。其他版本的用户手册由-d选项完成。
增加了-S选项,指定操作系统,如无指定,则脚本会自行判断系统。
增加了-Z选项,指定解压程序或指令。
增加了-u选项,用于清除.bashrc文件Multiwfn相关环境变量设置。
完善了-h信息,给出常用指令用法。
如需用-g,-o,-m,-r等选项来指定路径,路径有空格时只需用引号就行,其他与Linux和Windows下使用习惯一致即可,无需转义。

=======================================
更新1.1】 2020/10/29
增加了-w选项,这个选项不带参数(“小白”选项)。会自行检测用户是否本脚本或者Multiwfn的新用户,会根据判断结果写入环境变量。适合第一次使用时使用(后续更新基本无需再用到)。
bash ./config_Multiwfn_settings.sh -d 1 -w

(第一次使用只需把脚本下载,terminal进入脚本所在文件夹位置,然后复制以上蓝色命令执行即可完成)
增加了-c选项,用于版本检测(受到隔壁大佬@ene 的启发)
增加了一个alias(见后文)第一次使用本脚本后退出terminal重新登录或者直接 source  ~/.bashrc后生效。以后使用只要使用alias就很方便了。
完善了 -d 选项, 默认获取在线最新版本号,也可以直接输入任意版本号获取相应版本。
PS: 原来有两个选项,其中-n用来自行指定线程数,-s用来自行指定KMP_STACKSIZE变量值,正常不需要用到。



默认神奇咒语是: sob


=======================================
发布针对Win版Multiwfn的脚本】 2020/10/29
Windows下用得不多,可以跳过。大多数时候还是用Linux的版本。仅供参考。
新增了一个在Windows更新Multiwfn和设置配置文件的试用版,目前在MobaXterm测试可用,包括下载,检测版本及设置参数,得到的Multiwfn.exe也在MobaXterm可用。

设置参数方面涉及斜杠反斜杠区别,以下指令可用:
bash ./config_Multiwfn_settingsWin.sh -d 1
bash ./config_Multiwfn_settingsWin.sh -d 1 -w -g 'C:\\G16W\\' -o 'C:\\orca new\\' -n 2 -s 200000000
bash ./config_Multiwfn_settingsWin.sh -w -g 'C:\\G16W\\' -o 'C:\\orca new\\' -n 2 -s 200000000
bash ./config_Multiwfn_settingsWin.sh -c

source 后就可以使用alias了:
如:sobWin -c
我没用Windows版的ORCA,示例中的路径仅供参考。
针对Windows的这个版本可以用 -o  -g  -n -s 等参数来设定或者手动设置配置文件参数。
注意如果要使用Windows下的路径的不同,见上面示例。也可以转换成Linux格式的路径,但必须是MobaXterm等可认的。
对于这个版本,里面有用到解压rar文件的程序,需要根据自己的情况修改解压程序路径。


=======================================
发布1.0】 2020/10/28
需要更换版本时可以尝试以下指令,将会下载Multiwfn并更新settings.ini文件设置
./config_Multiwfn_settings.sh -d 1
发现服务器的带宽对于下载相比于本地下载还要来得快很多!


如果手动下载替换,只需更新settings.ini文件,则使用其他参数进行设置。
-g 后面带的是Gaussian程序安装目录
-o 后面带的是ORCA程序安装目录
-m带的是Multiwfn程序安装目录
-r带的是目录为以上程序共同路径部分(如有),用这个选项时可以替换相应的以上选项。
如: ./config_Multiwfn_settings.sh -r ~
这些选项也可以与-d选项同时使用。
-d 带的是官网安装程序的Zip文件名,或者1代表默认文件名。

也可以不带选项使用默认参数来自动更新。
./config_Multiwfn_settings.sh

./config_Multiwfn_settings.sh -h 获取帮助信息。

以上安装更新成功会输出相应成功的信息。注意double check下最后输出的参数信息是否合适。如有错误提示则需提供相应选项正确值。
注意成功安装后,如有旧的Multiwfn会备份成Multiwfn-old,自行确认保留或删除。
Linux 1.0版本 config_Multiwfn_settings.sh (4.99 KB, 下载次数: 37)

图1 偏好设置

图1 偏好设置

图2 解压软件说明

图2 解压软件说明

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发表于 2020-10-28 09:27:30 | 显示全部楼层
终于可以省去用notepad++对比新旧配置文件的糟心过程了

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 楼主| 发表于 2020-10-28 17:58:34 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2020-10-28 09:27
终于可以省去用notepad++对比新旧配置文件的糟心过程了

确实是写这个脚本的最根本原因。。。
主要是社长太勤快了。。。
写完之后发现,以后再也不怕社长频繁更新了。
特别是比下载到本地再传上服务器省事快捷。
现在再定义一个alias,每次只需打几个字母,就完成Multiwfn下载、安装、更新的自动完成。

PS. 上面给出的第一个指令最适合第一次使用Multiwfn的用户使用。
后面如果有需要,可以加一个往.bashrc写入环境变量的操作。

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发表于 2020-10-28 20:04:15 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2020-10-28 09:27
终于可以省去用notepad++对比新旧配置文件的糟心过程了

请问为啥要对比新旧配置文件啊?难道每次更新,都不能兼容旧版的配置文件?

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 楼主| 发表于 2020-10-28 20:31:15 | 显示全部楼层
本帖最后由 winnerwill 于 2020-10-29 19:00 编辑
ggdh 发表于 2020-10-28 20:04
请问为啥要对比新旧配置文件啊?难道每次更新,都不能兼容旧版的配置文件?

有时兼容,毕竟Multiwfn有时会增减参数。最后的配置文件还是基于原装配置文件修改的。如以后有其他参数也需要修改,可以照葫芦画瓢增减。

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发表于 2020-10-29 08:02:23 | 显示全部楼层
ggdh 发表于 2020-10-28 20:04
请问为啥要对比新旧配置文件啊?难道每次更新,都不能兼容旧版的配置文件?

方便改参数啊,还有就是万一某个新版本里的配置文件取消/新加入了某个参数,可以及时发现
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发表于 2020-10-29 09:25:51 | 显示全部楼层
本帖最后由 冰释之川 于 2020-10-29 09:43 编辑

碰到了一件怪事……

QQ截图20201029092519.png

脚本里加了一句代码搞定了
  1. [[ -f "${ORCA_EXEDIR}" ]] || ORCA_EXEDIR=$(dirname $(which orca 2>/dev/null))
复制代码


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 楼主| 发表于 2020-10-29 18:00:21 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2020-10-29 09:25
碰到了一件怪事……

确实有点怪,ORCA默认的安装是都在同一个目录下的。 估计你把安装ORCA时把执行文件orca跟orca_2mkl分开放了。
应该只需要把原来的 [[ -d "${ORCA_EXEDIR}" ]] 改成 [[ -f "${ORCA_EXEDIR}/orca_2mkl" ]]就行了。

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 楼主| 发表于 2020-10-29 18:44:12 | 显示全部楼层
【更新1.1】 2020/10/29
增加了-w选项,这个选项不带参数(“小白”选项)。会自行检测用户是否本脚本或者Multiwfn的新用户,会根据判断结果写入环境变量。适合第一次使用时使用(后续更新基本无需再用到)。
增加了-c选项,用于版本检测(受到隔壁大佬的启发)
增加了一个alias,第一次使用本脚本后退出terminal重新登录或者直接 source  ~/.bashrc后生效。以后使用只要使用alias就很方便了。
完善了 -d 选项, 默认获取在线最新版本号,也可以直接输入任意版本号获取相应版本。
PS: 原来有两个选项,其中-n用来自行指定线程数,-s用来自行指定KMP_STACKSIZE变量值,正常不需要用到。

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 楼主| 发表于 2020-10-29 19:02:10 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2020-10-29 09:25
碰到了一件怪事……

新版本里也改进了,以适应这种情形。

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发表于 2020-10-29 19:59:41 | 显示全部楼层
winnerwill 发表于 2020-10-29 19:02
新版本里也改进了,以适应这种情形。

大佬考虑再搞个更新windows版Multiwfn程序的脚本不?
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 楼主| 发表于 2020-10-29 23:03:54 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2020-10-29 19:59
大佬考虑再搞个更新windows版Multiwfn程序的脚本不?

加了个针对win版Multiwfn的初级脚本。在cmder下可以试试。

不搞批处理了。用的真不多。

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 楼主| 发表于 2020-11-1 05:17:51 | 显示全部楼层
【发布 Multiwfn更新小助手 MUA 2.0版(Multiwfn Update Assistant)Linux & Windows in One 】 2020/10/31
在Linux版本上增加了支持Windows版Multiwfn的更新,只需要一个脚本就可以了。
对任意Multiwfn版本以及所有PDF文档的下载支持进行了完善。支持新旧版本的Multiwfn和用户手册的下载。默认为最新版本下载。
通过-d选项下载程序文件及文档。
增加了-l选项,列出可下载的在线资源。
增加了-M选项,现在最新版本的用户手册。其他版本的用户手册由-d选项完成。
增加了-S选项,指定操作系统,如无指定,则脚本会自行判断系统。
增加了-Z选项,指定解压程序或指令。
增加了-u选项,用于清除.bashrc文件Multiwfn相关环境变量设置。
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 楼主| 发表于 2020-11-1 05:20:04 | 显示全部楼层
本帖最后由 winnerwill 于 2020-11-1 05:45 编辑

升级为二合一版本MUA 2.0:
==============适用于Multiwfn更新小助手 (Multiwfn Update Assistant)MUA for Linux & Windows All-in-One 2.0版本=========================
初次使用步骤:
1. 下载脚本
2. cd进入脚本所在目录,执行 bash ./MUA (只设置参数)或者 bash ./MUA -d1 -w (会下载最新版本)
3.  退出terminal重新登录或者直接 source  ~/.bashrc
更新完毕。

备注:
使用前,可选修改脚本中图1中所示偏好设置。主要是指定解压软件,默认的是unzip和7z。不要求设置平台系统环境变量。不设则脚本会自行确定。
无需指定平台系统,系统默认会自行识别。
这些修改在同一台电脑上只需指定一次。也可以通过命令行参数来指定。
适用于Multiwfn的Linux版本和Windows版本升级。
Windows下只要有terminal(如MobaXterm,cmder等)能执行Linux命令即可。

After downloading the script, execute the following commands :
  • >>Usage: cd  <path-to-MUA>
  • >>Usage: bash ./MUA (Only default setting)或者 bash ./MUA -d1 -w (Update to the latest version of Multiwfn as well)
  • >>Usage: source ~/.bashrc

[color=rgb(51, 102, 153) !important]复制代码

现在可以使用Alias 来说进行操作了。


日常用法说明:
>>Usage: mua [ options ]
>>Usage: options: [ -n nthreads | -s ompstacksize | -m  Multiwfnpath | -d dlname | -o ORCA_EXEDIR | -g GAUSS_EXEDIR | -r USERROOT | -S OperatingSystem | -Z UnZipCommand  | -M  | -l  | -U | -c | -w | -h ]

常用指令示例:
  • mua                                #设置
  • mua -h                          #显示帮助信息
  • mua -c                          #检查最新版本
  • mua -d1                         #更新最新版本
  • mua -SL                         #指定Linux平台
  • mua -SW                         #指定Windows平台
  • mua -M                          #下载最新用户手册
  • mua -U                          #清除.bashrc信息
  • mua -L                          #列出在线资源



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特别说明:针对Windows下解压缩rar文件,其实不需要额外安装解压软件,Windows正常能解压rar文件的程序如7-Zip就行,只要建立软连接到terminal就能直接使用。
以7-Zip(假设安装在C:\Program Files\7-Zip\)为例,在terminal执行以下命令,就可以在terminal和脚本中直接用7z指令了:
ln -s "C:\Program Files\7-Zip\7z.exe" /usr/bin/7z

然后就可以用 7z x <foo.rar>进行解压了。
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