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楼主 Author: sobereva

[Molclus] 将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索

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发表于 Post on 2021-5-13 14:14:01 | 显示全部楼层 Show all
sob老师,Confab或Frog2,这两种方法对于阴离子体系,是不是无法处理?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-13 19:18:29 | 显示全部楼层 Show all
苏玖染 发表于 2021-5-13 14:14
sob老师,Confab或Frog2,这两种方法对于阴离子体系,是不是无法处理?

没试过,试试便知,理应没这个限制
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-5-14 09:33:38 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2021-5-13 19:18
没试过,试试便知,理应没这个限制

试了一下,确实不能算阴离子,默认会补氢变成中性分子计算

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发表于 Post on 2021-7-2 10:18:34 | 显示全部楼层 Show all
你好,请问运行molclus前将settings.ini里的ibkout设为1,发现molclus运行过程中只输出了每个结构的优化+振动分析文件,但没有单点任务的输出文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-3 04:15:46 | 显示全部楼层 Show all
花花向日葵 发表于 2021-7-2 10:18
你好,请问运行molclus前将settings.ini里的ibkout设为1,发现molclus运行过程中只输出了每个结构的优化+振 ...

本来就是这样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-7-3 11:06:58 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 花花向日葵 于 2021-7-3 11:11 编辑

好的,谢谢

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发表于 Post on 2021-7-21 09:58:41 | 显示全部楼层 Show all
两个归簇阈值设置不同会不会被审稿人diss。我现在的情况是要对大量分子构象搜索,xtb计算的能量归簇阈值设小0.5 kcal/mol,0.25 angstrom的话,后续g16和orca计算大量结构耗时非常高,所以目前设置的第一次归簇阈值为0.5 kcal/mol,0.4 angstrom, 第二次归簇为0.5 kcal/mol,0.25 angstrom. 但是若审稿人问起,要怎样回复比较好呢?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-22 00:46:53 | 显示全部楼层 Show all
qingqing 发表于 2021-7-21 09:58
两个归簇阈值设置不同会不会被审稿人diss。我现在的情况是要对大量分子构象搜索,xtb计算的能量归簇阈值设 ...

两个阈值物理意义、单位都完全不同,没有任何理由要相同
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发表于 Post on 2021-8-11 11:58:51 | 显示全部楼层 Show all
Frog2 构象搜索后,在Frog.mol2旁边的小磁盘按钮上选“另存为”显示如下图所示界面,请问如何得到多个独立的帧文件?
202108111156201293..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 01:55:14 | 显示全部楼层 Show all
qcn1211 发表于 2021-8-11 11:58
Frog2 构象搜索后,在Frog.mol2旁边的小磁盘按钮上选“另存为”显示如下图所示界面,请问如何得到多个独立 ...

不要说什么小磁盘,都不知道你用的什么文本编辑器

如果给出的是多帧的mol2文件,自己写个脚本拆分
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发表于 Post on 2021-8-16 16:28:08 | 显示全部楼层 Show all
Notoschord 发表于 2021-2-24 23:16
请教老师,在Open Babel GUI下应该如何使用confab呢?

我点选"Confab, the diverse conformer generator ...

我和你遇到了同样的情况,现在也不晓得是什么原因,请问你解决了嘛

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发表于 Post on 2021-12-16 19:33:18 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 丁越 于 2021-12-16 19:34 编辑
hunterpyj 发表于 2020-12-14 14:55
请问: centos下安装完open babel 后 运行obabel Actos.pdb -O traj.xyz --confab --verbose --conf 10000
...

这是因为你编译open babel的时候没有编译eigen库。这一点官网上就没有提及,我也是查了一下才知道的。
https://www.cnblogs.com/wq242424/p/8231600.html

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