将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索

苏玖染 · 发表于 Post on 2021-5-13 14:14:01

sob老师，Confab或Frog2，这两种方法对于阴离子体系，是不是无法处理？

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-13 19:18:29

苏玖染发表于 2021-5-13 14:14
sob老师，Confab或Frog2，这两种方法对于阴离子体系，是不是无法处理？

没试过，试试便知，理应没这个限制

苏玖染 · 发表于 Post on 2021-5-14 09:33:38

sobereva 发表于 2021-5-13 19:18
没试过，试试便知，理应没这个限制

试了一下，确实不能算阴离子，默认会补氢变成中性分子计算

花花向日葵 · 发表于 Post on 2021-7-2 10:18:34

你好，请问运行molclus前将settings.ini里的ibkout设为1，发现molclus运行过程中只输出了每个结构的优化+振动分析文件，但没有单点任务的输出文件

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-3 04:15:46

花花向日葵发表于 2021-7-2 10:18
你好，请问运行molclus前将settings.ini里的ibkout设为1，发现molclus运行过程中只输出了每个结构的优化+振 ...

本来就是这样

花花向日葵 · 发表于 Post on 2021-7-3 11:06:58

本帖最后由花花向日葵于 2021-7-3 11:11 编辑

sobereva 发表于 2021-7-3 04:15
本来就是这样

好的，谢谢

qingqing · 发表于 Post on 2021-7-21 09:58:41

两个归簇阈值设置不同会不会被审稿人diss。我现在的情况是要对大量分子构象搜索，xtb计算的能量归簇阈值设小0.5 kcal/mol，0.25 angstrom的话，后续g16和orca计算大量结构耗时非常高，所以目前设置的第一次归簇阈值为0.5 kcal/mol，0.4 angstrom, 第二次归簇为0.5 kcal/mol，0.25 angstrom. 但是若审稿人问起，要怎样回复比较好呢？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-22 00:46:53

qingqing 发表于 2021-7-21 09:58
两个归簇阈值设置不同会不会被审稿人diss。我现在的情况是要对大量分子构象搜索，xtb计算的能量归簇阈值设 ...

两个阈值物理意义、单位都完全不同，没有任何理由要相同

qcn1211 · 发表于 Post on 2021-8-11 11:58:51

Frog2 构象搜索后，在Frog.mol2旁边的小磁盘按钮上选“另存为”显示如下图所示界面，请问如何得到多个独立的帧文件？

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-12 01:55:14

qcn1211 发表于 2021-8-11 11:58
Frog2 构象搜索后，在Frog.mol2旁边的小磁盘按钮上选“另存为”显示如下图所示界面，请问如何得到多个独立 ...

不要说什么小磁盘，都不知道你用的什么文本编辑器

如果给出的是多帧的mol2文件，自己写个脚本拆分

zhouwenhao · 发表于 Post on 2021-8-16 16:28:08

Notoschord 发表于 2021-2-24 23:16
请教老师，在Open Babel GUI下应该如何使用confab呢？

我点选"Confab, the diverse conformer generator ...

我和你遇到了同样的情况，现在也不晓得是什么原因，请问你解决了嘛

丁越 · 发表于 Post on 2021-12-16 19:33:18

本帖最后由丁越于 2021-12-16 19:34 编辑

hunterpyj 发表于 2020-12-14 14:55
请问： centos下安装完open babel 后运行obabel Actos.pdb -O traj.xyz --confab --verbose --conf 10000
...

这是因为你编译open babel的时候没有编译eigen库。这一点官网上就没有提及，我也是查了一下才知道的。
https://www.cnblogs.com/wq242424/p/8231600.html

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-5-28 19:30:03

请教一下老师，为什么说这些构象程序不适合用于过渡金属配合物呢，对于一些未知配位键长键角甚至金属离子与配体上具体哪个原子配位都不确定的情况下，好像gentor也不太适用，请问这种时候选择其他哪种构象程序比较好呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-29 01:25:42

无敌菠萝派发表于 2022-5-28 19:30
请教一下老师，为什么说这些构象程序不适合用于过渡金属配合物呢，对于一些未知配位键长键角甚至金属离子与 ...

你这种问题明显有更好的办法

拿到一个配体结构，通常通过基本化学常识，或者其它已知的含有此配体的化合物，就知道哪里可能配位，因此可以手动摆出来大致有意义的初猜结构。而且实在不好确定时，还可以用Multiwfn对配体表面计算静电势极值点、ALIE极值点辅助判断，看：
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图（含视频演示）
http://sobereva.com/514（http://bbs.keinsci.com/thread-14632-1-1.html）
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

通常根本没必要靠随机产生初始结构方式来搜索过渡金属配合物结构，效率太低，而且这么搞出来的初始结构往往SCF收敛很困难。

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-5-29 10:31:23

sobereva 发表于 2022-5-29 01:25
你这种问题明显有更好的办法

拿到一个配体结构，通常通过基本化学常识，或者其它已知的含有此配体的化 ...

谢谢sob老师，我的体系就是因为金属离子的配位能力强，配体中又有多个可能与其配位的原子，所以我没法直接判断，我会仔细研究一下您贴出的链接内容。

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