将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-6-2 17:54:17

本帖最后由无敌菠萝派于 2022-6-2 18:01 编辑

sobereva 发表于 2022-5-29 01:25
你这种问题明显有更好的办法

拿到一个配体结构，通常通过基本化学常识，或者其它已知的含有此配体的化 ...

sob老师，我还想问一个问题，我用文章中ALIE绘制出了分子表面图和极值点，但是我还想知道极值点和里面某个原子的距离该怎么操作呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-3 03:36:34

无敌菠萝派发表于 2022-6-2 17:54
sob老师，我还想问一个问题，我用文章中ALIE绘制出了分子表面图和极值点，但是我还想知道极值点和里面某 ...

Mouse - Label - Bonds，点击极值点和一个原子的中心进行测量

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-6-3 10:22:55

sobereva 发表于 2022-6-3 03:36
Mouse - Label - Bonds，点击极值点和一个原子的中心进行测量

多谢sob老师

laplacesuanzi · 发表于 Post on 2022-10-7 22:46:12

本人新手，这个程序怎么打不开呢，求各位赐教，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-8 17:12:28

laplacesuanzi 发表于 2022-10-7 22:46
本人新手，这个程序怎么打不开呢，求各位赐教，谢谢

卸了当前的Openbabel，尝试用我目前用的这个版本：http://sobereva.com/soft/OpenBabel-3.1.1-x64.exe
并且把程序装到C盘以外的目录下避免由于权限原因无法创建新文件

laplacesuanzi · 发表于 Post on 2022-10-18 07:48:16

sobereva 发表于 2022-10-8 17:12
卸了当前的Openbabel，尝试用我目前用的这个版本：http://sobereva.com/soft/OpenBabel-3.1.1-x64.exe
...

问题已解决，谢谢老师。

anlancx · 发表于 Post on 2022-10-18 17:03:17

老师，请问在5.3 使用DFT优化和算单点得到可靠的自由能里，是否有办法能够让15个结构同时优化？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-18 17:26:56

anlancx 发表于 2022-10-18 17:03
老师，请问在5.3 使用DFT优化和算单点得到可靠的自由能里，是否有办法能够让15个结构同时优化？

把molclus目录复制多份，settings.ini里ngeom指定处理traj.xyz里的帧号范围，同时运行多个molclus，最后把各个isomers.xyz合并即可

qcn1211 · 发表于 Post on 2022-12-31 14:40:32

sob老师，请问我用confab进行构象搜索出现如图片所示，是什么问题呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-31 17:27:20

qcn1211 发表于 2022-12-31 14:40
sob老师，请问我用confab进行构象搜索出现如图片所示，是什么问题呢？

zt.mol2不在当前目录下
输入dir看当前目录都有什么

蟹黄宝 · 发表于 Post on 2023-3-15 10:38:35

本帖最后由蟹黄宝于 2023-3-15 10:40 编辑

我使用 obabel 0.pdb -O traj.xyz --confab --verbose --conf 10000 处理一个86个原子（12聚合度）的全氟聚醚分子，出现这种报错：*** Open Babel Error in operator()
memory limit exceeded...

我找网上和Open Babel 教程上没找到内存设置的地方，
请教老师，这该怎么解决？

护卫天使 · 发表于 Post on 2023-5-27 13:21:17

老师您好，我用Confab搜索了图中单体的构象，其中该单体是考虑N的去质子化，因为文献报道该聚合物-NH的pKa为6.6左右，我用xtb程序的-gfn2 -gbsa h2o -chrg -1 方法进行预优化，结果经过Molclus筛选得到的低能构象中羟基的氢会迁移到N原子上，请问老师我后面要如何处理？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-28 02:04:24

护卫天使发表于 2023-5-27 13:21
老师您好，我用Confab搜索了图中单体的构象，其中该单体是考虑N的去质子化，因为文献报道该聚合物-NH的pKa ...

先取一个结构，用wB97XD/6-311G**结合IEFPCM描述的水环境看看会优化成什么样，是否质子会转移。如果不会的话，考虑xtb优化时加上约束避免质子转移，或者尝试调用MOPAC在PM6-D3H4结合隐式溶剂模型下做优化看看

美泽虎 · 发表于 Post on 2023-6-24 00:54:17

请教老师，我运行Confab产生了1249个conformers，但最下面显示 0 molecules converted （见图片附件），这种是正常的吗？用的是最新的windows版。 3.1.1 x64那个

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-24 01:30:37

美泽虎发表于 2023-6-24 00:54
请教老师，我运行Confab产生了1249个conformers，但最下面显示 0 molecules converted （见图片附件），这 ...

不正常。先尝试瑞德西韦，看是不是程序本身的毛病

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[Molclus] 将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索