将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索

美泽虎 · 发表于 Post on 2023-6-24 02:01:25

本帖最后由美泽虎于 2023-6-24 06:50 编辑

sobereva 发表于 2023-6-24 01:30
不正常。先尝试瑞德西韦，看是不是程序本身的毛病

Sob老师，我尝试了一下用文中的Actos.pdb这个例子。除了最后一行多了一个0 molecules converted，其他的输出信息都和文中一致（见下图）。C:\Users\14047\OneDrive\Desktop\Weixin Image_20230623135650.png，之后产生的xyz文件也可以正常在VMD里面load出591个conformer（见下图）C:\Users\14047\OneDrive\Desktop\Weixin Image_20230623140028.png

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-24 04:55:47

美泽虎发表于 2023-6-24 02:01
Sob老师，我尝试了一下用文中的Actos.pdb这个例子。除了最后一行多了一个0 molecules converted，其他的 ...

贴图方式不对，仔细看指定的社员必读贴
如果用相同的步骤，actos产生的xyz文件里有正常的构象，你的体系没有产生哪怕一个，那就是bug，建议找开发者解决，或者用别的方式产生初始构象，如gentor、frog2、跑动力学等

xiaokexxk · 发表于 Post on 2023-12-5 09:28:57

本帖最后由 xiaokexxk 于 2023-12-5 16:27 编辑

老师你好，请问运行molclus前将settings.ini里的ibkchk设为1，发现molclus运行过程中只输出了每个结构的优化+振动的chk文件，没有单点能任务的chk文件，是默认如此吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-6 07:28:48

xiaokexxk 发表于 2023-12-5 09:28
老师你好，请问运行molclus前将settings.ini里的ibkchk设为1，发现molclus运行过程中只输出了每个结构的优 ...

是

ldsserver · 发表于 Post on 2024-1-24 10:49:57

请教老师，confab的MMFF94没有B，有办法改成UFF吗，obabel -L confab里边没有ForceField参数

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-25 03:55:10

ldsserver 发表于 2024-1-24 10:49
请教老师，confab的MMFF94没有B，有办法改成UFF吗，obabel -L confab里边没有ForceField参数

因为硼的成键形式复杂、情况太多，导致支持硼的力场极少。虽然UFF支持硼，但也不意味着用UFF就能优化出合理结果（虽然你可以用Gaussian做UFF优化一个构象看看情况）。建议至少用半经验做构象筛选

ldsserver · 发表于 Post on 2024-1-31 10:36:47

sobereva 发表于 2024-1-25 03:55
因为硼的成键形式复杂、情况太多，导致支持硼的力场极少。虽然UFF支持硼，但也不意味着用UFF就能优化出合 ...

感谢老师！

护卫天使 · 发表于 Post on 2024-3-30 21:05:47

老师好，安装了Confab，使用时报错：Missing or unknown output file or format spec or possibly a misplaced option.但是不知道如何解决，麻烦老师指教。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-30 23:32:17

护卫天使发表于 2024-3-30 21:05
老师好，安装了Confab，使用时报错：Missing or unknown output file or format spec or possibly a mispla ...

先尝试用帖子里相同的输入文件看是否正常
如果正常，把输入文件改成mol2格式再试

护卫天使 · 发表于 Post on 2024-3-31 10:45:40

sobereva 发表于 2024-3-30 23:32
先尝试用帖子里相同的输入文件看是否正常
如果正常，把输入文件改成mol2格式再试

老师好，尝试了博文中的相同的输入文件、重新安装、换电脑、.mol2为输入格式，都是一样的报错。改变输出文件的格式为.pdb或者.mol2，能运行，但是显然得不到结果，请问一下老师，这怎么解决呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-31 15:01:57

护卫天使发表于 2024-3-31 10:45
老师好，尝试了博文中的相同的输入文件、重新安装、换电脑、.mol2为输入格式，都是一样的报错。改变输出 ...

把pdb轨迹载入VMD，然后保存成xyz轨迹

2877321934 · 发表于 Post on 2024-8-23 14:16:20

本帖最后由 2877321934 于 2024-8-23 15:52 编辑

请问老师，我将xtb优化的结构用isostat筛选后，都用mopac优化了一遍,用isostat再筛选一遍后，再取分布排名前15的结构进行dft优化，和直接取xtb生成并用isostat筛选后分布前15的结构进行dft优化比较。发现两种方法得到的优势构象完全不一样，请问用mopac多筛选一步会使结果更可靠吗，哪一种方法得到的构象更可靠？

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-24 06:24:01

2877321934 发表于 2024-8-23 14:16
请问老师，我将xtb优化的结构用isostat筛选后，都用mopac优化了一遍,用isostat再筛选一遍后，再取分布排名 ...

此时用MOPAC完全多余
本来GFN2-xTB的平均精度就比MOPAC支持的任何半经验方法要高

2877321934 · 发表于 Post on 2024-8-24 11:48:36

sobereva 发表于 2024-8-24 06:24
此时用MOPAC完全多余
本来GFN2-xTB的平均精度就比MOPAC支持的任何半经验方法要高

好的，谢谢老师

zhangjiacheng · 发表于 Post on 2024-8-27 09:37:40

蟹黄宝发表于 2023-3-15 10:38
我使用 obabel 0.pdb -O traj.xyz --confab --verbose --conf 10000 处理一个86个原子（12聚合度）的全氟聚 ...

我也遇到了同样的问题，请问你最后解决了吗？

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