请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版
第八届分子动力学与GROMACS培训班将于2021年1月18~21日于北京举办,报名将于12月10日开始。培训预告请点击此链接查看,欲学习分子动力学模拟与GROMACS程序者切勿错过!

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 559|回复: 10

[ORCA] 关于使用ORCA内存内存的建议

[复制链接]

10

帖子

0

威望

107

eV
积分
117

Level 2 能力者

发表于 2020-10-30 04:30:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 c00jsw00 于 2020-10-30 07:37 编辑

各位前辈我计算的体系约为300个原子左右&外加溶剂模型..16G的内存在使用Multiwfn &ORCA 经常会out of memory ..这一个通常大概要多少比较适合 谢谢
另外还有我有两颗CPU分别有16 CORE但使用ORCA的时候却只能使用单独一颗计算指定32 CORE的时候会出现错误 请问这该如何解决
谢谢

44

帖子

0

威望

572

eV
积分
616

Level 4 (黑子)

发表于 2020-10-30 09:34:59 | 显示全部楼层
这个大概64G应该差不多,我算过336原子的,B3LYP/def2-SV(P),需要84G内存
专注于面向个人的量化问题解决,LAMMPS ReaxFF力场。一对一提供服务,本人个人电脑提供计算资源,双路8168,128G内存。

802

帖子

0

威望

485

eV
积分
1287

Level 4 (黑子)

发表于 2020-10-30 10:44:26 | 显示全部楼层
可以考虑减小核数,orca很多计算步骤涉及把一个矩阵给每个核拷一份,所以使用内存量随核数增加而增加

183

帖子

0

威望

1814

eV
积分
1997

Level 5 (御坂)

发表于 2020-10-30 11:02:57 | 显示全部楼层
orca,32核并行效率低,不如跑俩16核任务

648

帖子

0

威望

1416

eV
积分
2064

Level 5 (御坂)

发表于 2020-10-30 11:30:41 | 显示全部楼层
你这个体系用6个核心,每个核心800M-1G

539

帖子

1

威望

1914

eV
积分
2473

Level 5 (御坂)

发表于 2020-10-30 11:46:04 | 显示全部楼层
看你算啥,用啥方案?

比如,我计算100多原子体系,每个核心4GB内存都会死。
我指的是TDDFT。
提供面向计算化学的平台搭建和使用相关的咨询和支持,
wechat / bilibili  abbottcn
Configure, build, and customize the Linux cluster for your computational project.

553

帖子

0

威望

1322

eV
积分
1875

Level 5 (御坂)

发表于 2020-10-30 12:16:25 | 显示全部楼层
16g内存洗洗睡,也就用得起半经验了

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
61079

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 2020-10-30 13:20:14 | 显示全部楼层
16GB也就跑几十个原子,更何况ORCA这种MPI并行的程序,没法共享内存,涉及到后HF更没戏

第二个问题说具体报错
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

10

帖子

0

威望

107

eV
积分
117

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2020-10-31 03:20:12 | 显示全部楼层
There are not enough slots available in the system to satisfy the 40
slots that were requested by the application:

  /home/c00jsw00/bin/orca_4_2_1_linux_x86-64_openmpi314/orca_gtoint_mpi

Either request fewer slots for your application, or make more slots
available for use.

72

帖子

0

威望

356

eV
积分
428

Level 3 能力者

发表于 2020-10-31 16:20:25 | 显示全部楼层
c00jsw00 发表于 2020-10-31 03:20
There are not enough slots available in the system to satisfy the 40
slots that were requested by t ...

CPU总共16核*2=32核,你计算要了40核,超了,所以报错了。

10

帖子

0

威望

107

eV
积分
117

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2020-11-1 15:59:06 | 显示全部楼层
不是樓上說的那樣 我有40 cores:  應該是openmpi的 問題
我更改: openmpi-default-hostfile & 並且寫入 localhost slots=40
就OK了
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2020-12-5 06:40 , Processed in 0.147838 second(s), 24 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表