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[辅助/分析程序] 自动生成Gaussian输入文件的工具GJFenerator

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发表于 Post on 2020-11-2 10:18:36 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 Accelerator 于 2020-11-2 10:21 编辑

最近论坛上似乎有发布各种Multiwfn及相关程序更新助手的潮流。今天准备单点的输入文件时想到自己也写过一个自动批量生成单点输入文件的程序GJFenerator,因此也跟风发到论坛上。这一程序主要是用于按照模板自动生成大量gjf文件,特别是例如按照M05-2X/6-31G(d)的方式考虑溶剂化时,每个结构都要算很多单点,手动生成输入文件十分不便。利用此程序可以节省一些手工。程序是作者大二时用C#编写的,在Windows下运行(需要.Net Framework,但由于年代久远,应该大部分人电脑里的版本都已经足够了)。使用方法如下:

1. 准备一个gjf文件,记录需要算单点的结构的几何构型,文件名以英文感叹号结尾。如test!.gjf。
GJFenerator会从中读取几何构型,并结合设置好的关键字准备输入文件。这个gjf文件中的关键字与最终生成的输入文件无关,但尽可能让这个gjf文件中的关键字不要太长,否则有一定概率引发某些谜之问题。
2. GJFenerator目录下有三个文件:kwd.txt, gen.txt, gensp.txt,分别对应关键字以及自定义基组。例如:
1.png
首先根据需要修改kwd.txt,每行对应生成的一个输入文件的关键字。每行关键字最后输入一个美元符号$, $后输入对应生成的gjf文件的名字。例如,第一步准备test!.gjf,而kwd.txt中某一行为xxxx$Gas!,则表示程序将以test!.gjf中的几何构型为基础,生成一个名为test_Gas.gjf的输入文件,其中包含的关键字为xxxx。
很多情况下我们需要生成两种输入文件;第一种是用于求得溶剂化能的,也就是在m052x/6-31G(d)水平下的至少2个文件(如果想要对比不同溶剂还会更多),以及最终的高水平气相单点文件。这两种需要使用不同的基组,在kwd.txt中用感叹号区别;每行如果以英文感叹号结尾,表明对应上述第一类,调用gen.txt中的自定义基组。如果结尾没有感叹号,表明对应上述第二类,调用gensp.txt中的自定义基组。
2.png
3. 修改gen.txt和gensp.txt,分别为溶剂化计算以及高水平气相单点计算所调用的自定义基组。

准备好后,打开GJFenerator,会发现程序已经载入了kwd.txt中的关键字。上方两个文本框分别设置使用的CPU和内存(GB)。点击Load,载入准备好的xxx!.gjf文件,再点击generate,就会在输入gjf文件的相同目录下生成一系列可用于单点计算的gjf文件。

这个程序自己用了多年,不足之处是需要将优化构型手动提取出来制成以感叹号结尾的输入文件。早就想加入自动解析log文件的功能,迟迟没有时间。将来有空或许会更新罢。



Gjfenerator.7z (123.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

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计算化学路人甲

发表于 Post on 2020-11-2 11:51:09 | 显示全部楼层 Show all
不错,提示一下:根据“批量转换量子化学软件I/O文件以及提取输出信息的Shell脚本” (http://bbs.keinsci.com/thread-16231-1-1.html)能在linux里实现类似的功能哦

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计算化学路人甲

发表于 Post on 2020-11-2 11:53:59 | 显示全部楼层 Show all
还有一点,我觉得分开发帖不好,不方便查找。不如大家直接在一个帖子里盖楼,然后百花齐放PK一下,让用户自主选择

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发表于 Post on 2020-11-2 12:05:34 | 显示全部楼层 Show all
居然还有GUI。。6666

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計算化学の社畜

发表于 Post on 2020-11-2 14:13:59 | 显示全部楼层 Show all
ggdh 发表于 2020-11-2 12:05
居然还有GUI。。6666

钟叔的 TS摩尼特啥时候更新鸭?
Stand on the shoulders of giants

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发表于 Post on 2020-11-2 20:25:38 | 显示全部楼层 Show all
Novice 发表于 2020-11-2 11:51
不错,提示一下:根据“批量转换量子化学软件I/O文件以及提取输出信息的Shell脚本” (http://bbs.keinsci. ...

老哥 说的在理
上海交通大学计算化学与分子生物信息实验室
Shanghai JiaoTong University
Computational Chemistry and Molecular Bioinformatics Laboratory

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发表于 Post on 2020-11-2 21:16:20 | 显示全部楼层 Show all
话说之前写过一个脚本自动读取一个txt文件里的文件名,然后自动输出序列溶剂gjf颇为好用。稍后加上。

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发表于 Post on 2020-11-2 21:23:41 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 exity 于 2020-11-2 21:30 编辑

    ########~使用说明~########
    #   准备好一个cdx文件,用open babel 转化为orca的输入文件,命令为:  C:\apps\OpenBabel-3.0.0\obabel 1.cdx -o orcainp -O test.inp
    #   上述命令中的openbabel的路径请根据自己的实际路径进行修改,也可以加入环境变量直接引用,由于我使用了多个版本的open babel,这里还是使用了绝对路径避免混乱
    #   准备好一个名为  beaker.young    的文本文件,young是我随意设定的后缀名,你可以自己修改,在shell做对应修改即可。
    #   beaker.young文件内容为你的溶剂类型,从上到下,单行排列,看起来应该如下所示(不包括#号)
    #water
    #methanol
    #ethanol
    #DMSO
    #   这里使用了四种溶剂,要注意的是溶剂名字必须和orca手册里严格一致,可以参考ORCA手册882页(4.2.1版手册)
    #   修改shell脚本第4行内容,使用了几种溶剂就修改  j<=几,这里改为 j<=4
    #   把 test.inp beaker.young 和 shell脚本放在同一个文件夹下,运行shell脚本即可,就能得到一系列以 xxx_solvent.inp命名的inp文件了。
    #   注意1:如果出现了奇怪的空格和乱码之类,可能是dos和unix文本文件兼容问题,dos2unix beaker.young就可以了。
    #   注意2:如果要修改关键词,自己看看第9和14行即可,第9行是含有隐式溶剂模型的关键词,14行没有溶剂模型(真空 或 气体),其他没什么好说的,都是ORCA常见关键词。
    #   注意3:思路一样,高斯溶剂化的gjf也很好写,改改后缀名就行了。


    ########~代码备份~#########
    #   \n%geom\n   Recalc_Hess 1\nend  #   每一步都计算hess矩阵
    #   cp ${i//.xyz}.1tmp ${i//.xyz}_"$(sed -n ${j}p beaker.young)".inp
    #   上述命令中如果不使用""把$(sed -n ${j}p beaker.young)括起来的话,就不能输出带空格的文件名


orcainp_solvation.sh (4.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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