可以通过VMD获得水团簇质心坐标么？

dongdong · 发表于 Post on 2020-11-4 17:43:53

各位老师好：

假如我有一个191个液滴的动态运动轨迹。VMD有没有命令可以获得多个轨迹的动态质心坐标呢？
谷歌后发现好像VMD中measure命令可以实现，但是具体操作不知道如何进行。希望得到各位老师的解答，感谢！！

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-11-4 18:22:27

本帖最后由 Lacrimosa 于 2021-4-24 19:41 编辑

打开VMD Main-Extensions-Tk Console输入以下内容（set select "water"此处将water替换为你自己的选择语句）

#---------------------------------------------------
set outfile [open center.dat w]
set select "water"

#---------------------------------------------------
set n [molinfo top get numframes]
set sel [atomselect top "$select"]

for { set i 1 } { $i <= $n } { incr i } {
      set sel [atomselect top "$select" frame $i]
      set p [measure center "$sel" weight mass]
      puts $outfile $p
}
close $outfile

dongdong · 发表于 Post on 2020-11-4 18:59:34

Lacrimosa 发表于 2020-11-4 18:22
打开VMD Main-Extensions-Tk Console输入以下内容（set select "water"此处将water替换为你自己的选择语句 ...

哇，非常实用，谢谢

elpa · 发表于 Post on 2020-12-9 23:30:53

dongdong 发表于 2020-11-4 18:59
哇，非常实用，谢谢

问一个愚蠢的问题。请问“将water替换为你自己的选择语句”，这里water是指自己的文件名还是？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-12-10 12:49:40

elpa 发表于 2020-12-9 23:30
问一个愚蠢的问题。请问“将water替换为你自己的选择语句”，这里water是指自己的文件名还是？

不是文件名，而是vmd中的selection
参考：http://sobereva.com/504

elpa · 发表于 Post on 2021-1-16 18:59:37

Lacrimosa 发表于 2020-12-10 12:49
不是文件名，而是vmd中的selection
参考：http://sobereva.com/504

感谢感谢

dongdong · 发表于 Post on 2021-4-24 17:33:00

Lacrimosa 发表于 2020-11-4 18:22
打开VMD Main-Extensions-Tk Console输入以下内容（set select "water"此处将water替换为你自己的选择语句 ...

老师您好：
如果想求水团簇的几何中心应该如何改这个代码啊？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-4-24 19:42:33

dongdong 发表于 2021-4-24 17:33
老师您好：
如果想求水团簇的几何中心应该如何改这个代码啊？

measure $sel center weight mass是求质心
measure $sel center是几何中心

YPL · 发表于 Post on 2022-11-6 17:58:17

本帖最后由 YPL 于 2022-11-6 20:04 编辑

Lacrimosa 发表于 2020-11-4 18:22
打开VMD Main-Extensions-Tk Console输入以下内容（set select "water"此处将water替换为你自己的选择语句 ...

您好，老师。我刚学VMD，这个在TK console中运行完上述语句之后，输出文件在哪儿呢？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2022-11-7 18:26:31

YPL 发表于 2022-11-6 17:58
您好，老师。我刚学VMD，这个在TK console中运行完上述语句之后，输出文件在哪儿呢？

会直接在tkconsole里输出结果，如果你需要输出到文件用下面这三个命令：
set outfile [open ./out.dat w]
puts $outfile "Output data"
close $outfile

YPL · 发表于 Post on 2022-11-9 22:42:56

Lacrimosa 发表于 2022-11-7 18:26
会直接在tkconsole里输出结果，如果你需要输出到文件用下面这三个命令：
set outfile [open ./out.dat w ...

好的，十分感谢

fightingllll · 发表于 Post on 2023-6-14 10:54:27

Lacrimosa 发表于 2022-11-7 18:26
会直接在tkconsole里输出结果，如果你需要输出到文件用下面这三个命令：
set outfile [open ./out.dat w ...

老师你好我想通过VMD获得在水溶液中形成水团簇的数量以及不同水团簇尺寸的百分比
可以实现吗

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-6-15 09:49:15

本帖最后由 Lacrimosa 于 2023-6-15 09:50 编辑

fightingllll 发表于 2023-6-14 10:54
老师你好我想通过VMD获得在水溶液中形成水团簇的数量以及不同水团簇尺寸的百分比
可以实现吗

用这个贴子里的代码肯定实现不了，而且VMD做这个有可能会很慢。建议自己编程实现或者找一些有类似分析功能python包。自编代码的话，首先你得明确水团簇的判定条件是什么，然后找出每一帧中的所有水团簇，输出该团簇的水分子数量，最后按数量和频率做直方图就行了。编程方面有困难可以求助chatGPT

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