求助 NVT位置限制性模拟时需要restrain文件

wanglg

NVT位置限制性模拟时使用指令gmx grompp -f nvt-pr-md.mdp -c em-sol.gro -p addoxt.top -o nvt-pr.tpr，
报错Fatal error:
Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r).
From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files
explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you
specify for the -c option.
可是不知道该怎么生成restraint.gro。
我查了2020的gromacs手册，里面写When using position restraints, a file with restraint coordinates must be supplied with -r (can be the same file as supplied for -c)，上述指令加入-r em-sol.gro后也确实可以运行生成tpr文件。
我想请教这样生成的tpr文件有问题吗？会影响模拟结果吗？

wanglg

问题解决了，我在最新的教程下看到确实是加入了-r em-sol.gro选项。应该是版本迭代的原因吧。

HangLiu

您好,最新教程请问您在哪里看到的

安陈

我是把mdp文件第二行的define注掉就好了

AAA111

wanglg 发表于 2020-11-4 19:49
问题解决了，我在最新的教程下看到确实是加入了-r em-sol.gro选项。应该是版本迭代的原因吧。

请问您的em-sol文件是什么呢

Mitt

wanglg 发表于 2020-11-4 19:49
问题解决了，我在最新的教程下看到确实是加入了-r em-sol.gro选项。应该是版本迭代的原因吧。

你好 如果-r的输入文件和前面一样的话 是限制所有原子吗