GROMACS伞形采样问题

dongdong · 发表于 Post on 2020-11-7 17:57:35

本帖最后由 dongdong 于 2020-11-7 18:00 编辑

各位老师好：

最近在学习GROMACS中的伞形采样，做的体系：有机小分子从气相进入液相时，自由能的变化。在一个教程中提到，由于在模拟时体系质心一直会变化，所以在Z轴方向添加一个虚原子（K），结果更好。对于虚原子itp没有电荷和质量。(itp文件如下)。接下来构建体系（如图）。在进行生成采样构型的时候，却提醒我top文件错误，K由净电荷（如图）。而且忽略这个警告在后续运行的时候会提示LINCS WARNING系统爆破。于是我怀疑时电荷的问题。但是K的拓扑文件定义的时o电荷。所以不知如何解决这个问题，在这里向各位老师请教。自己也学习GROMACS没多久，希望得到各位的建议和帮助。

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