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[GROMACS] gromacs有可以得到蛋白的哪些残基和分子间形成氢键的命令吗

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如果有的话麻烦老师指点一下

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发表于 Post on 2020-11-10 20:08:19 | 只看该作者 Only view this author
gmx hbond,两个组分别选小分子和protein
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发表于 Post on 2020-11-10 21:29:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lao7 于 2020-11-10 21:36 编辑

1、gmx hbond -s md.tpr -f md-whole.xtc -num hbond.xvg (会提示选择两组分子)
2、xmgrace hbond.xvg (绘图)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-13 10:27:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-10 20:08
gmx hbond,两个组分别选小分子和protein

感谢老师指点,想细问一下怎么能得到可以和小分子形成氢键的残基的序号呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-13 10:28:49 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2020-11-10 21:29
1、gmx hbond -s md.tpr -f md-whole.xtc -num hbond.xvg (会提示选择两组分子)
2、xmgrace hbond.xvg  ...

感谢指点,您说的这个是氢键数目吗,我想得到能和小分子形成氢键的残基序号可以操作吗

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发表于 Post on 2020-11-13 10:53:22 | 只看该作者 Only view this author
wzj1234 发表于 2020-11-13 10:27
感谢老师指点,想细问一下怎么能得到可以和小分子形成氢键的残基的序号呢



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-14 15:56:17 | 只看该作者 Only view this author

感谢老师指点,请问老师VMD中小分子断开了是什么原因呢,怎么能显示完整的小分子结构吗

QQ截图20201214155535.png (27.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

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发表于 Post on 2020-12-15 02:28:33 | 只看该作者 Only view this author
wzj1234 发表于 2020-12-14 15:56
感谢老师指点,请问老师VMD中小分子断开了是什么原因呢,怎么能显示完整的小分子结构吗

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html
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