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[科研杂谈] JCIM发了一篇反对现在算法研究不公开代码的风气的文章

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发表于 Post on 2020-11-10 18:06:37 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 catenarygong 于 2020-11-10 18:08 编辑

acs.jcim.0c01000.pdf (667.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

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发表于 Post on 2020-11-10 20:15:47 来自手机 | 显示全部楼层 Show all
如果软件代码公开能授权专利,那我也乐此不疲。搞实验的很容易发专利,搞理论的码农辛辛苦苦写个软件却申请不了国家专利

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发表于 Post on 2020-11-11 02:41:27 | 显示全部楼层 Show all
在我看来没必要非要求代码公开,这是作者自愿的事情,关键是要求程序应当公开(并且是直接获取、无需申请)。如果某人提出了一个新的方法,其他人应当能够通过他开发的程序重复出来文中的数据(就算这程序是个半成品、不好用、效率低也无妨,但起码得提供)。

有些单纯介绍程序、甚至只是介绍小程序的文章,作者都不提供程序,这是完全无法接受的事情。就比如前阵子,看到有人发了篇介绍gmx2qmmm程序的文章(DOI: 10.1002/qua.26486),是GROMACS和量化程序的Python接口,我心想总算有人弥补这个空白了,结果一看文章,愣是怎么获取都没提,进一步google也没找到下载地址,真是坑爹。我要是审稿人的话决不答应。

代码公开导致被小人不当利用的行为太多见了,这绝对没有任何办法能简简单单避免,完全不是一个可以被轻描淡写的小问题。我国研究人员把github上的东西加个壳申请奖励已经不是什么新鲜事了。就连我以前写的一些辅助小程序,博文里顺带给了源代码,甚至居然都被小人拿去改了改、在一些山寨野鸡地方上发布并声称是他自己写的。所以我后来开发的一些免费程序,像Shermo、OfakeG等等我都不直接提供源代码了,谁想要源码的话给我发邮件,附上名字和工作单位,我100%给源码。

免费、公开提供程序比给源代码的重要性高得多。像免费的ORCA并不提供源代码,一般用户也没多少人有意见,比起只给源代码而不给预编译的程序的情况,也还省得一些小白在编译上犯难。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-11 20:35:12 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-11-11 02:41
在我看来没必要非要求代码公开,这是作者自愿的事情,关键是要求程序应当公开(并且是直接获取、无需申请) ...

是的,我觉得很多算法文章不提供可供测试的程序,那文章就实在没太大意义哪怕是只给一个测试版、限时版都行

就像实验文章不给写experimental section一样

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发表于 Post on 2020-11-12 14:23:11 来自手机 | 显示全部楼层 Show all
catenarygong 发表于 2020-11-11 20:35
是的,我觉得很多算法文章不提供可供测试的程序,那文章就实在没太大意义哪怕是只给一个测试版、限时版都 ...

不一样。算法和代码实现是两码事。知道算法就能重复出结果。现在可以雇佣码农来帮你实现,如果以后AI编程能普及了,连码农都不用雇了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-12 18:10:57 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 catenarygong 于 2020-11-12 21:26 编辑
granvia 发表于 2020-11-12 14:23
不一样。算法和代码实现是两码事。知道算法就能重复出结果。现在可以雇佣码农来帮你实现,如果以后AI编程 ...

我的意思不是完全公开代码,而是应该提供一个公开的二进制的可运行程序,测试版或者限时授权都可以

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