cp2k做杂化泛函PBE0的计算内存需要如何调

DMYYCG

在用CP2K做PBE0算单点能时，运行总是进行一天就被自动终止。我查看内存占用发现是内存不够，而后我尝试了两个节点不满核和三个节点不满核都是同样的问题。求问是否有必要继续尝试4个，5个节点，其对应核数设在什么范围会比较合理？我的体系是196个原子但包含72个过渡金属Ti,输入文件的精度如下：EPS_SCF 1.0E-4 ，EPS_SCHWARZ 1.0E-4，EPS_DEFAULT 1.0E-5，不知是否还有再降低精度的空间。（需要什么地方的信息有助于您分析可以让我贴出来，欢迎畅聊，感谢）

mizuchi

What basis sets do you use? How much planewave cutoff is?

DMYYCG

这是我的报错

1. srun: error: cn13230: task 2: Killed
   
2. srun: First task exited 60s ago
   
3. srun: tasks 0-1,3-51: running
   
4. srun: task 2: exited abnormally
   
5. srun: Terminating job step 4146634.0
   
6. slurmd[cn13230]: *** STEP 4146634.0 KILLED AT 2020-11-14T09:11:08 WITH SIGNAL 9 ***
   
7. srun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
   
8. slurmd[cn13230]: *** STEP 4146634.0 KILLED AT 2020-11-14T09:11:08 WITH SIGNAL 9 ***

复制代码

DMYYCG

mizuchi 发表于 2020-11-13 16:25
What basis sets do you use? How much planewave cutoff is?

1. BASIS_SET_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/HFX_BASIS
   
2.       BASIS_SET_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/BASIS_MOLOPT
   
3. <div><div><div><div>      POTENTIAL_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/GTH_POTENTIAL</div><div>
   
4. </div><div></div><div>                        WFN_RESTART_FILE_NAME TIO2-RESTART-GGA.wfn</div><div>
   
5. </div></div></div></div><div>
   
6. </div><div>
   
7. </div>&KIND Ti
   
8.          BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   
9.          POTENTIAL GTH-PBE-q12
   
10.       &END KIND
    
11.       &KIND O
    
12.          BASIS_SET DZVP-GTH
    
13.          POTENTIAL GTH-PBE-q6
    
14.       &END KIND
    

复制代码

DMYYCG

mizuchi 发表于 2020-11-13 16:25
What basis sets do you use? How much planewave cutoff is?

I've set the plane wave cutoff to 400

mizuchi

Ok, basis sets are reasonably small. Is reducing the size of your system not an option? Maybe you could employ other periodic boundary conditions along with k-points? Also could you please show the full input file?

DMYYCG

mizuchi 发表于 2020-11-16 02:44
Ok, basis sets are reasonably small. Is reducing the size of your system not an option? Maybe you co ...

Well,the size of my system can not reduce.What exactly do you mean by employing other periodic boundary conditions?

DMYYCG

mizuchi 发表于 2020-11-16 02:44
Ok, basis sets are reasonably small. Is reducing the size of your system not an option? Maybe you co ...

Here is my input file.

1. &GLOBAL
   
2.    
   
3.    PROJECT TIO2
   
4.   
   
5.    RUN_TYPE ENERGY
   
6.   
   
7.    IOLEVEL  MEDIUM
   
8. &END GLOBAL
   
9. 
   
10. &FORCE_EVAL
    
11.   
    
12.    METHOD Quickstep
    
13.    &DFT
    
14.       ! basis sets and pseudopotential files can be found in cp2k/data
    
15.       BASIS_SET_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/HFX_BASIS
    
16.       BASIS_SET_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/BASIS_MOLOPT
    
17.       POTENTIAL_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/GTH_POTENTIALS
    
18.       WFN_RESTART_FILE_NAME TIO2-RESTART-GGA.wfn
    
19.      
    
20.       CHARGE 0
    
21.       MULTIPLICITY 1
    
22. 
    
23.       &MGRID
    
24.         
    
25.          CUTOFF [Ry] 400
    
26.       &END
    
27. 
    
28.       &QS
    
29.         
    
30.          METHOD GPW
    
31.         
    
32.          EPS_DEFAULT 1.0E-5
    
33.          
    
34.          EXTRAPOLATION ASPC
    
35.        EPS_FILTER_MATRIX    0
    
36.        EPS_PGF_ORB          1.000E-30
    
37.       &END
    
38. 
    
39.       &POISSON
    
40.          PERIODIC XYZ
    
41.       &END
    
42. 
    
43.       &PRINT
    
44.         
    
45.          &E_DENSITY_CUBE OFF
    
46.          &END E_DENSITY_CUBE
    
47.          
    
48.          &MO_CUBES
    
49.             NLUMO 4
    
50.             NHOMO 4
    
51.             WRITE_CUBE .FALSE.
    
52.             &EACH
    
53.                MD 10
    
54.             &END
    
55.          &END
    
56.       &END
    
57.      
    
58.       &SCF
    
59.          SCF_GUESS RESTART
    
60.          MAX_SCF 30
    
61.          EPS_SCF 1.0E-4
    
62.          &OT
    
63.            
    
64.             PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE
    
65.             
    
66.             MINIMIZER DIIS
    
67.          &END OT
    
68.          &OUTER_SCF
    
69.             MAX_SCF 10
    
70.             EPS_SCF 1.0E-4
    
71.          &END
    
72.          
    
73.          &PRINT
    
74.             &RESTART ON
    
75.             &END
    
76.          &END
    
77.       &END SCF
    
78. 
    
79.       
    
80.      
    
81.     &XC
    
82.      
    
83.       &XC_FUNCTIONAL
    
84.        &PBE
    
85.       
    
86.          SCALE_X 0.75
    
87.       
    
88.          SCALE_C 1.0
    
89.        &END PBE
    
90.       &END XC_FUNCTIONAL
    
91.       &HF
    
92.       
    
93.         FRACTION 0.25
    
94.       
    
95.         &SCREENING        
    
96.          
    
97.           EPS_SCHWARZ 1.0E-4
    
98.          
    
99.           SCREEN_ON_INITIAL_P TRUE
    
100.         &END
     
101.         &INTERACTION_POTENTIAL
     
102.          
     
103.           POTENTIAL_TYPE TRUNCATED
     
104.          
     
105.           CUTOFF_RADIUS  4.0
     
106.          
     
107.           T_C_G_DATA /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/t_c_g.dat
     
108.         &END
     
109.         &MEMORY
     
110.          
     
111.           MAX_MEMORY 4000
     
112.           EPS_STORAGE_SCALING 0.1
     
113.         &END
     
114.       &END
     
115.      
     
116.       &VDW_POTENTIAL
     
117.          POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
     
118.          &PAIR_POTENTIAL
     
119.             PARAMETER_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/dftd3.dat
     
120.             TYPE DFTD3
     
121.             REFERENCE_FUNCTIONAL PBE0
     
122.             R_CUTOFF [angstrom] 16
     
123.          &END
     
124.       &END VDW_POTENTIAL
     
125.     &END XC
     
126.    &END DFT
     
127.    
     
128.    &SUBSYS
     
129.       &CELL
     
130.          
     
131.          ABC [angstrom] 8.871   19.548   41.526
     
132.       ALPHA_BETA_GAMMA  90.0000   90.0000   90.0000
     
133.        PERIODIC  XYZ
     
134.        MULTIPLE_UNIT_CELL  1  1  1
     
135.         &END CELL
     
136.      &COORD
     
137. Ti   0.000   0.000   2.032
     
138. Ti   1.479   3.258   2.032
     
139. Ti   2.957   0.000   2.032
     
140. Ti   4.436   3.258   2.032
     
141. Ti   5.914   0.000   2.032
     
142. Ti   7.393   3.258   2.032
     
143. Ti   0.000   6.516   2.032
     
144. Ti   1.479   9.774   2.032
     
145. Ti   2.957   6.516   2.032
     
146. Ti   4.436   9.774   2.032
     
147. Ti   5.914   6.516   2.032
     
148. Ti   7.393   9.774   2.032
     
149. Ti   0.000  13.032   2.032
     
150. Ti   1.479  16.290   2.032
     
151. Ti   2.957  13.032   2.032
     
152. Ti   4.436  16.290   2.032
     
153. Ti   5.914  13.032   2.032
     
154. Ti   7.393  16.290   2.032
     
155. Ti   0.000   3.258   5.290
     
156. Ti   1.479   0.000   5.290
     
157. Ti   2.957   3.258   5.290
     
158. Ti   4.436   0.000   5.290
     
159. Ti   5.914   3.258   5.290
     
160. Ti   7.393   0.000   5.290
     
161. Ti   0.000   9.774   5.290
     
162. Ti   1.479   6.516   5.290
     
163. Ti   2.957   9.774   5.290
     
164. Ti   4.436   6.516   5.290
     
165. Ti   5.914   9.774   5.290
     
166. Ti   7.393   6.516   5.290
     
167. Ti   0.000  16.290   5.290
     
168. Ti   1.479  13.032   5.290
     
169. Ti   2.957  16.290   5.290
     
170. Ti   4.436  13.032   5.290
     
171. Ti   5.914  16.290   5.290
     
172. Ti   7.393  13.032   5.290
     
173. Ti   1.478   9.822   8.475
     
174. Ti   4.436   3.305   8.475
     
175. Ti   7.393   3.305   8.475
     
176. Ti   4.436  16.336   8.475
     
177. Ti   7.393  16.336   8.475
     
178. Ti   1.479   3.305   8.475
     
179. Ti   1.479  16.337   8.475
     
180. Ti   7.392   9.820   8.476
     
181. Ti   4.436   9.821   8.476
     
182. Ti   0.001   6.554   8.709
     
183. Ti   2.958   6.554   8.708
     
184. Ti   5.915   6.553   8.709
     
185. Ti   0.001  13.070   8.709
     
186. Ti   2.958  13.069   8.709
     
187. Ti   5.915  13.069   8.710
     
188. Ti   5.915   0.037   8.710
     
189. Ti   0.001   0.038   8.710
     
190. Ti   2.957   0.038   8.710
     
191. Ti   2.960   9.774  11.687
     
192. Ti   0.003   9.774  11.687
     
193. Ti   5.916  16.289  11.687
     
194. Ti   5.917   3.260  11.687
     
195. Ti   2.958  16.291  11.687
     
196. Ti   0.001  16.291  11.687
     
197. Ti   0.002   3.258  11.687
     
198. Ti   2.960   3.257  11.687
     
199. Ti   5.917   9.776  11.689
     
200. Ti   7.398   6.516  12.080
     
201. Ti   4.441   6.516  12.079
     
202. Ti   1.484   6.515  12.079
     
203. Ti   4.438  13.031  12.080
     
204. Ti   7.396  13.031  12.079
     
205. Ti   1.482  13.031  12.079
     
206. Ti   4.438  -0.001  12.080
     
207. Ti   1.481  -0.000  12.080
     
208. Ti   7.395  -0.001  12.080
     
209. O   0.000   3.258   0.752
     
210. O   2.957   3.258   0.752
     
211. O   5.914   3.258   0.752
     
212. O   0.000   9.774   0.752
     
213. O   2.957   9.774   0.752
     
214. O   5.914   9.774   0.752
     
215. O   0.000  16.290   0.752
     
216. O   2.957  16.290   0.752
     
217. O   5.914  16.290   0.752
     
218. O   1.479   1.280   2.032
     
219. O   1.479   5.236   2.032
     
220. O   4.436   1.280   2.032
     
221. O   4.436   5.236   2.032
     
222. O   7.393   1.280   2.032
     
223. O   7.393   5.236   2.032
     
224. O   1.479   7.796   2.032
     
225. O   1.479  11.752   2.032
     
226. O   4.436   7.796   2.032
     
227. O   4.436  11.752   2.032
     
228. O   7.393   7.796   2.032
     
229. O   7.393  11.752   2.032
     
230. O   1.479  14.312   2.032
     
231. O   1.479  18.268   2.032
     
232. O   4.436  14.312   2.032
     
233. O   4.436  18.268   2.032
     
234. O   7.393  14.312   2.032
     
235. O   7.393  18.268   2.032
     
236. O   0.000   3.258   3.312
     
237. O   2.957   3.258   3.312
     
238. O   5.914   3.258   3.312
     
239. O   0.000   9.774   3.312
     
240. O   2.957   9.774   3.312
     
241. O   5.914   9.774   3.312
     
242. O   0.000  16.290   3.312
     
243. O   2.957  16.290   3.312
     
244. O   5.914  16.290   3.312
     
245. O   0.000   0.000   4.010
     
246. O   2.957   0.000   4.010
     
247. O   5.914   0.000   4.010
     
248. O   0.000   6.516   4.010
     
249. O   2.957   6.516   4.010
     
250. O   5.914   6.516   4.010
     
251. O   0.000  13.032   4.010
     
252. O   2.957  13.032   4.010
     
253. O   5.914  13.032   4.010
     
254. O   1.479   4.538   5.290
     
255. O   1.479   1.978   5.290
     
256. O   4.436   4.538   5.290
     
257. O   4.436   1.978   5.290
     
258. O   7.393   4.538   5.290
     
259. O   7.393   1.978   5.290
     
260. O   1.479  11.054   5.290
     
261. O   1.479   8.494   5.290
     
262. O   4.436  11.054   5.290
     
263. O   4.436   8.494   5.290
     
264. O   7.393  11.054   5.290
     
265. O   7.393   8.494   5.290
     
266. O   1.479  17.570   5.290
     
267. O   1.479  15.010   5.290
     
268. O   4.436  17.570   5.290
     
269. O   4.436  15.010   5.290
     
270. O   7.393  17.570   5.290
     
271. O   7.393  15.010   5.290
     
272. O   0.000   0.000   6.570
     
273. O   2.957   0.000   6.570
     
274. O   5.914   0.000   6.570
     
275. O   0.000   6.516   6.570
     
276. O   2.957   6.516   6.570
     
277. O   5.914   6.516   6.570
     
278. O   0.000  13.032   6.570
     
279. O   2.957  13.032   6.570
     
280. O   5.914  13.032   6.570
     
281. O   0.000   3.258   7.268
     
282. O   2.957   3.258   7.268
     
283. O   5.914   3.258   7.268
     
284. O   0.000   9.774   7.268
     
285. O   2.957   9.774   7.268
     
286. O   5.914   9.774   7.268
     
287. O   0.000  16.290   7.268
     
288. O   2.957  16.290   7.268
     
289. O   5.914  16.290   7.268
     
290. O   1.479   5.220   8.579
     
291. O   7.394   5.220   8.580
     
292. O   4.436   5.220   8.579
     
293. O   1.479  11.735   8.581
     
294. O   4.436  14.335   8.584
     
295. O   7.393  14.335   8.584
     
296. O   7.394  11.735   8.579
     
297. O   1.479  14.335   8.583
     
298. O   1.479  18.251   8.580
     
299. O   4.436  18.251   8.581
     
300. O   7.393  18.251   8.581
     
301. O   4.436  11.735   8.578
     
302. O   1.479   7.820   8.584
     
303. O   7.393   1.303   8.585
     
304. O   4.436   1.303   8.584
     
305. O   1.479   1.303   8.584
     
306. O   7.394   7.819   8.583
     
307. O   4.437   7.819   8.583
     
308. O   0.001   9.773   9.857
     
309. O   2.958   9.773   9.857
     
310. O   0.001  16.289   9.857
     
311. O   2.957  16.289   9.857
     
312. O   5.915  16.288   9.857
     
313. O   5.915   3.259   9.857
     
314. O   0.001   3.258   9.857
     
315. O   2.958   3.258   9.857
     
316. O   5.915   9.775   9.859
     
317. O   5.916   6.522  10.585
     
318. O   0.001   6.519  10.585
     
319. O   2.960   6.520  10.585
     
320. O   2.959  13.036  10.585
     
321. O   5.915  13.033  10.585
     
322. O   0.001  13.037  10.585
     
323. O   5.915   0.004  10.585
     
324. O   0.001   0.004  10.585
     
325. O   2.958   0.004  10.585
     
326. O   4.440   8.552  12.037
     
327. O   7.395   8.552  12.037
     
328. O   4.438  11.000  12.038
     
329. O   7.396  11.000  12.036
     
330. O   1.481   8.551  12.033
     
331. O   1.481  10.999  12.035
     
332. O   1.481   2.036  12.035
     
333. O   1.480  17.517  12.035
     
334. O   4.439   2.035  12.033
     
335. O   4.438  17.516  12.035
     
336. O   7.395   2.036  12.034
     
337. O   7.394  17.516  12.035
     
338. O   4.436  15.068  12.035
     
339. O   1.480  15.068  12.035
     
340. O   7.395  15.067  12.034
     
341. O   4.437   4.484  12.035
     
342. O   7.397   4.485  12.035
     
343. O   1.482   4.484  12.035
     
344. O   0.005   6.520  13.182
     
345. O   2.961   6.520  13.182
     
346. O   5.917  13.036  13.182
     
347. O   2.959  13.035  13.182
     
348. O   0.003  13.034  13.182
     
349. O   5.919   6.514  13.182
     
350. O   5.916   0.002  13.183
     
351. O   0.002   0.002  13.183
     
352. O   2.959   0.003  13.182
     
353.       &END
     
354.       
     
355.       &KIND Ti
     
356.          BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
     
357.          POTENTIAL GTH-PBE-q12
     
358.       &END KIND
     
359.       &KIND O
     
360.          BASIS_SET DZVP-GTH
     
361.          POTENTIAL GTH-PBE-q6
     
362.       &END KIND
     
363.    &END SUBSYS
     
364. &END FORCE_EVAL

复制代码

DMYYCG

计算半小时是写到这里，计算了一天还是写到这里，直到作业结束还是写到这里这个且.out文件无报错，日志文件在计算一天的时间无输出。直到作业被停止告知作业被停掉。

haibeih

兄弟，你用PBE0，不用ADMM加速是算不动滴，体系太大了。谁用谁知道，特别好使。我估计你的输出文件如果往下跑，肯定有个非常大的ERI on-the-fly。所以内存是大问题，杂化泛函太消耗内存。

参考以下内容，应该问题不大：
（1）https://zhuanlan.zhihu.com/p/30030239
（2）https://www.cp2k.org/exercises:2017_uzh_cp2k-tutorial:hybrid

DMYYCG

haibeih 发表于 2020-11-17 08:57
兄弟，你用PBE0，不用ADMM加速是算不动滴，体系太大了。谁用谁知道，特别好使。我估计你的输出文件如果往下 ...

好的我加上ADMM试试。内存方面的话有好的经验建议么？

haibeih

像你这种大体系，人家一般条件好的课题组，都是128个核，内存当然越大越好啦。建议在不影响其他用户的基础上，用上最大的内存和节点

DMYYCG

haibeih 发表于 2020-11-17 10:56
像你这种大体系，人家一般条件好的课题组，都是128个核，内存当然越大越好啦。建议在不影响其他用户的基础 ...

好的我试试

DMYYCG

haibeih 发表于 2020-11-17 10:56
像你这种大体系，人家一般条件好的课题组，都是128个核，内存当然越大越好啦。建议在不影响其他用户的基础 ...

已成功写出，感谢

haibeih

DMYYCG 发表于 2020-11-17 16:50
已成功写出，感谢

注意时刻跟踪检测结果，以防出错~其实如果有条件的话，你也可以试试直接用PBE0优化，虽然慢一点，但是有时候真比PBE这种纯泛函好得多。